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中国首个国家基因库运营 瞧瞧里面都有啥?
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国家基因库概述
国家基因库是服务于国家战略需求的国家级公益性创新科研及产业基础设施建设项目。2011年1月,国家发展改革委员会正式批复同意依托深圳华大基因研究院组建深圳国家基因库。同年10月国家发展改革委员会、财政部、工业和信息化部、国家卫生计划生育委员会(原卫生部)联合批复同意深圳国家基因库建设方案,相关项目列入国家战略性新兴产业发展专项资金计划。国家基因库建立集资源样本库、生物信息库、生物资源信息网络为一体的发展及运营模式,并由深圳华大基因研究院组建及运营,拟通过建立高水平的生物资源样本库、高效的生物信息数据处理、存储与管理系统以及覆盖广泛的联盟网络,有效保护、合理开发和利用我国生物资源及基因数据资源,该项目的建设实施有利于保护我国珍贵且特有的遗传资源,实现样本资源、基因及数据资源共享开发利用,提高我国遗传资源样本和基因信息数据的储存、分析、管理和应用能力,进而推动生命科学和生物产业发展。这对于我们国家抢占未来生物经济的战略制高点、掌控生物遗传资源、基因战略资源,具有极其重要的战略意义。
Abstract:
China National Genebank-Shenzhen(CNGB)is a national nonprofit institute,which is founded to serve the strategic needs of the Chinese government and to boost innovative scientific research and the infrastructure construction for biological industries.In January 2011,CNGB was approved by the National Development and Reform Commission (NDRC).Later in 2011,the Construction Scheme of CNGB was jointly approved by NDRC,the Ministry of Finance (MOF),the Ministry of Industry and Technology Information(MIIT)and the National Health and Family Planning Commis-sion(NHFPC,The original Ministry of Health),funded in the Special Fund Plan for the Development ofNational Strategic GB is established and operated by BGI-Shenzhen characterizing in a creative development model which combines biological bank,informatics bank and biological resources information consortium network together.With the goal of establishing a world-leading biological bank,with highly efficient biological information data processing,storage and manage-ment system and comprehensive consortium network,CNGB provides effective protection as well as rational utilization of the Chinese massive bio-resources(include both human and non-human specimen)and related clinical(or phenotypic)information and OMICS data.The establishment of CNGB is essential for protecting genetic resources in China,for realizing the develop-ment and application as well as sharing of sample and GB also strives to improve the capabilities of storing, analyzing,managing and utilizing of specimen and relevant information storage,analysis,management and applications,which will consequently propel the development of biological industry and life science.In summary,CNGB has great strategic signifi-cant importance for our country to seize the commanding heights of bio-economy,and to possess take control of the strategic biological genetic resources and genetic data.
Yong Zhang
Xiaolin Zhou
Dongqiong Wei
Zhixiang Yan
Shipeng Wang
作者单位:
深圳国家基因库,深圳 518083; 深圳华大基因研究院,深圳 518083
深圳国家基因库,深圳,518083
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万方数据电子出版社国家基因库的十大实力
  【扩展阅读】  国家基因库的十大实力  1、战略  基因已经成为一种战略资源,关系到国家的根本利益和生物安全,掌握这些资源就等于抢占了全球生物产业链的顶端。如何抢滩,每个国家都在思考和行动。  目前,美欧日等西方发达国家和地区在基因科技方面的投入远远超过中国。世界上有3个公认的成型基因库,美国的NCBI,日本的DDBJ,欧洲的EBI。这些基因库的主要功能是承载生物学研究产生出来的数据,特别是跟序列相关的核酸信息数据。  深圳国家基因库是样本、样本资源、数据信息的源头,2011年10月由由国家发展改革委、财政部、工业和信息化部以及国家卫生和计划生育委员会四部委批复,并由华大基因组建运营,是国家的重大战略需求。  2、创新  用于保存生物种质资源的资源样本库,是国家基因库比其他国家的基因库优越之处。国家基因库创新性提出采用生物资源样本库(湿库)和基因信息数据库(干库)相结合的建设模式,收集全球生物物种和样本并进行储存,且把这些资源信息数字化,使之能够支撑科研和应用。  这一优势使得国家基因库成为既有数据又有实体的新一代基因资源库、信息库、知识库和工具库,与传统的“干湿分离”的基因库相比,具有极强的竞争优势。  3、职能  资源库和样本库的职能首先是把能看得到的动植物,海洋,微生物等资源保留下来,做生命百科全书式的基因库,为遗传资源的保存和生命科学研究提供硬件平台和原始的遗传信息资源。  4、独特  国家基因库拥有经济动植物,海洋,微生物四大平台,致力于资源保护、干细胞保存、全国出生缺陷联盟等项目。华大基因利用已有的样本资源,畜养猪,种植轻木、苜蓿,各种植物种子等项目是保护和利用资源很好的实例。  5、珍贵  将来即使在面临大的自然灾害或物种灭绝的情况下,资源样本库可以视作一个“诺亚方舟”,这些保存起来的生物种质资源,可以作为生物多样性和遗传资源的储备。而且人类资源方向收集保存的血液、尿液、精子、卵子、干细胞等样本也都具有非常重要的研究价值,尤其是谱系和家系完整的样本、一些少数民族宝贵的遗传资源样本和稀有动植物资源的抢救保存。  6、共享  大数据的共享是未来生物学发展的必然趋势,国家基因库作为开放的公共访问平台,能让所有的生命科学研究者一起共享生物学数据。  7、标准  国家基因库不仅搭建了国际级的样本及生物信息储存平台,还起草了多项数据存储的规范和标准。日国家基因库向深圳市市场监督管理局提出申报《植物种质资源离体保存库建设规范》标准,于日获批,日开始执行。  2014年3月,国家基因库标准编制小组起草了人类间充质干细胞库建设标准草案。日,标准化指导性技术文件《人类间充质干细胞库建设与管理规范》正式发布,于日起实施。  8、本土资源保护  现实中,人们有时只看到经济价值,不会到考虑生物价值,种植数量的减少会直接影响到未来此类资源总的存在量。但本土资源需要保护,假如当年袁隆平先生没有发现原生不育的水稻系,现在的这些杂交水稻全都不会有,这绝对是个利用本土原生资源产生重大科研成果,造福人民的典型的案例。  国家基因库把我国本土的生物种质资源储存起来,保护生物资源的多样性,在未来世界的资源竞争中具有不可估量的价值。  9、合作  国家基因库在全国推行的是分库(下数子库)和姐妹库(对等合作机构)的概念和模式。分库可以让国家基因库更壮大,资源的覆盖面更广,把现有的很多资源都利用起来。姐妹库可以让原本非常成熟的资源收集保存的单位能够与国家基因库紧密合作,发挥国家基因库的优势提升姐妹库的资源应用能力,同时也丰富了国家基因库的资源内容。  如,西南种质资源库保存样本的水平高、数量多,国家基因库与其合作后,在西南种质资源库增加了样本资源各个组学、分子学方面的信息,提高了西南种质资源库对资源的利用率、发掘出更多样本资源的科研和产业价值。  10、未来
  在深圳市市政府和大鹏新区的支持下,国家基因库将在大棚建设规模约116,000平米的基地。基地建筑设计三大理念——梯田,桃花源,山石。  计划到2017年,深圳国家基因库建成国际一流水平的高效基因信息数据库、可溯源性生物样本资源库,实现对基因信息数据总量达1Eb的访问支持,完成存储3000万份可溯源性生物样本,制定基因信息数据和生物样本采集、储存和管理相关标准和技术规范,围绕生物医药、生物农业和海洋生物等重点领域搭建基因资源挖掘的基础性支撑平台,促进我国生物产业提升创新能力。&分页导航
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汇深网 版权所有中国首个国家基因库即将正式运营 将成全球最大生命信息平台|界面新闻o中国图片来源:摄图网耗时5年,由国家发改委等4部委批复、华大基因承建运营的首个国家基因库已进入收官阶段,将于9月22日正式开幕。
这是中国第一个、全球第四个国家级基因库。21世纪经济报道记者获悉,国家基因库已与国外多个国家级自然历史博物馆、挪威世界末日种子库等机构建立合作,开幕之后也将正式开放数据共享平台。
国家基因库主任、华大农业集团董事长兼总裁梅永红告诉21世纪经济报道记者:&作为国家级平台,基因库的公共平台属性、功能非常明确,即提供公共产品和公共服务。将来,基因库也会衍生出一些产业门类,我们希望通过这个平台有更多人、更多模式走出来,这对提升国家在生命科技领域的能力是非常有价值的。&
梅永红曾任山东济宁市市长一职,一年前辞官引起业界哗然。巧合的是,他&投奔&的华大基因也在十年前从北京走出体制南下深圳,华大基因研究院至今仍为事业单位。
综合性世界最强
中国的基因库建设比多数发达国家晚几十年,国家基因库是继美国国家生物技术信息中心(NCBI)、欧洲生物信息研究所(EBI)、日本DNA数据库(DDBJ)之后,全球第四个国家级基因库。
但中国国家基因库具有其他三国尚未具备的功能。
&他们只是数据库,没有样品保存功能。相比之下,国家基因库还有样品库和活体库,目前全球没有这么大规模的综合性数据库,我们一期就达到了。&华大基因研究院院长、国家基因库执行主任徐讯向21世纪经济报道记者表示。
国家基因库分两期建设,即将开幕的是一期,工程投资7.8亿元,建筑面积4.75万平方米,目前基因信息数据总量达60PB,生物样本存储能力1000万份。
从架构来看,国家基因库将打造&三库两平台&,三库由生物信息数据库、生物样本资源库和生物活体库组成,两平台为数字化平台及合成与基因编辑平台。
值得关注的是,生物活体库是全球第一个为生物多样性研究和保护提供资源的平台,包含重要物种保护和繁育技术,从水生物拓展至动植物和微生物等,并建立了医学健康基地。
生物多样性在全球受到高度重视,但中国在此方面的理解普遍存在差距。
国家基因库副主任,华大基因研究院副院长张国捷告诉21世纪经济报道记者:&我们希望借用这个平台搜集全球资源研究整个生物多样性。目前生物多样性主要分为基础研究方向和应用方向,基础研究主要回答重大基础性的生物学问题。应用方向刚刚起步,我们希望通过探索基因资源,在未来对生物新能源、新医药和新材料科学应用研究上提供重要的基础知识和样品储备。&
数据方面,国家基因库主要产生人类疾病和物种多样性的相关数据。人类疾病数据主要通过与医院合作临床研究和自愿参与科研计划获得,国家基因库将通过公众号等途径不定期发布科研志愿者项目。
目前,罕见病数据库已检测了3000多个家庭,新发现400多种罕见病;癌症数据库包含上万份不同种类的数据,其中国际癌症组织联盟存入的数据信息占了不小比重;其余则是大规模人群队列数据库。
而物种多样性数据则是与多个国家的自然历史博物馆等机构合作。徐讯进一步解释:&基因库会开展大规模的全球合作,希望把国际资源集中起来应用和挖掘数据,并把数据转化成有用的信息和知识。&
最具现实价值的是,上述庞大的数据量将通过数据共享中心向全国科研机构和人员、产业机构开放。梅永红告诉21世纪经济报道记者:&国家基因库设有理事会,由国家发改委、财政部、工信部、卫计委四部委牵头,深圳市政府共同参与。这个平台怎么建设、运营,按照什么样的机制实现资源共享,都由理事会建立标准。&
平衡公共与商业属性
在一期7.8亿的工程投资款中,华大基因配套投资了3.6亿。梅永红直言,承建运营国家基因库的任务落在华大基因身上,是因为华大基因解读基因遗传密码的能力在全球领先,可以有效利用基因资源。另外,华大基因也是全球基因数据量最大的机构之一,是国家基因库资源的重要来源。
而对于公共性与商业性的界限,徐讯表示:&国家基因库是完全独立的,虽然由华大团队建设和管理,但与我们的商业版块是物理隔离的。基因库会提供对外公共服务统一的政策和规则,产业机构包括华大都必须按照规则使用这个公共平台。&
华大基因也曾是体制内的一员,2003年开始隶属于中科院旗下的北京基因组所。短短三年后,华大基因脱离中科院体系南下深圳。2007年成立的华大基因研究院至今保留着事业单位的头衔。
如今,华大基因拥有四个商业版块和一个创投平台:华大农业主攻基因在农业领域的应用;华大智造主要从事体外诊断试剂、测序仪等设备研发生产和销售;华大股份负责科技服务和医学检测;新成立的华大司法提供司法鉴定等服务;蓝色彩虹则负责基因领域的创投孵化。
另外还有四个非营利机构:华大基因研究院、华大学院、GigaScience杂志以及国家基因库。
去年年底,华大基因旗下的华大股份披露IPO冲刺创业板,华大股份由华大医学和华大科技合并而成。
而智造版块先后推出了超级测序仪Revolocity和桌面型高通量测序仪BGISEQ-500。21世纪经济报道记者在国家基因库看到,目前已经有150台BGISEQ-500和1台超级测序仪投入使用。
&华大是做基础研究起步的机构,做整个方向选择或架构时在摸索一个新的成长模式:首先确认一个大目标,再集中大资源、搭建大平台、开展国际合作,通过这些获取大数据,最终形成大科学,衍生出各个产业化机构。&梅永红说。
来源:21世纪经济报道原标题:最新更新时间:09/19 16:56更多专业报道,请
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国家基因库。
  历时5年的建设,9月22日,首个国家基因库宣布正式对外运营。
  这是继、和之后,全球第四个建成的国家级基因库,也是目前为止世界最大的基因库。
  国家基因库将以生物资源为依托,形成资源到科研到产业的全贯穿、全覆盖模式,应用方向包括人类健康、新型农业、物种多样性及生态环境保护等。未来,国家基因库还将依照相关规则开放样本、数据资源,成为一个公共服务平台,在基因测序和基因育种等方面发挥重要作用。
位于观音山脚下的国家基因库。
  国家基因库是目前全球最大的基因库
  国家基因库位于深圳市大鹏新区观音山脚下,占地面积超过5万平方米,建筑总面积11.6万平方米。其中,一期面积为4.75万平方米。2011年,该基因库由国家发展改革委、财政部、工业和信息化部、国家卫生和计划生育委员会联合批复,并由华大基因最终负责承建运营。
  深圳国家基因库主任、华大农业集团董事长兼总裁梅永红曾对媒体表示,国家基因库选址深圳主要考虑三个因素:一是方便利用临近的LNG(液化天然气)码头气化过程中产生的大量冷能,用于冷却样品,节能环保;二是国家基因库的主体建筑是倚山体的自然坡度建设的,每一层都相当于是第一层,都有山体结构的支撑,稳固性好,可摆放大型设备;三是深圳正在全力推进&东进战略&,将在深圳东部的大鹏半岛规划建设国际生物谷,并将其打造成为国际领先的生物科技创新中心,国家基因库是大鹏新区的重要产业基础设施,有助于生物产业提升创新能力。
  官网资料显示,深圳国家基因库初步建成&三库两平台&的结构业务和功能,&三库&由生物资源样本库、生物信息数据库和生物活体库组成,&两平台&为数字化平台、合成与编辑平台。国家基因库搭建起基因资源挖掘的基础性支撑及公共服务平台,以具备对海量生物资源的存、读、懂、写、用能力为基础,构建起检测、管理、认证、基础应用体系,促进基因组学在精准健康、精准农业、海洋开发、微生物应用等方面的前沿探索与产业转化,催生新技术、新产品和新模式。
责编:张金金
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