修持药师如来法门之行者应于佛坛上安置药师琉璃光如来圣像．必须恭敬，清洁不可亵渎．

佛前设香炉，两边安置供奉鲜花水果之瓶器于前整齐排放四十九盏油灯，七盏亦可．

顶礼一拜念诵：南无常住十方佛

顶礼一拜，念诵：南无常住十方法

顶礼一拜念诵：南无常住十方僧

顶礼三拜，念诵：南無本师释迦摩尼佛（一拜一称名号）

顶礼三拜念诵：南无药师琉璃光如来（一拜一称名号）

礼敬拜毕，于佛前合掌长跪唱赞偈：

皈命滿月界，净妙琉璃尊．

法药救人天因中十二愿．

慈悲弘誓广，愿度众含生．

我今申赞扬志心头面礼．

赞叹唱诵完毕，于佛前合掌长跪唱诵供养偈：

愿此香花云，遍满十方界．

一一诸佛土无量香庄严．

具足菩萨道，成就如来香．

起立顶礼一拜，再焚香三柱唱诵忏悔偈：

弟子某某，今于药师琉璃光如来前发愿忏悔：

我昔所造诸恶业，皆由无始贪嗔痴．

从身语意之所生一切我今皆忏悔．

忏悔偈唱誦完毕之后，行者可自行述说自己将忏悔之内容．

读诵＜药师琉璃光如来本愿经＞．

药师如来琉璃光焰网庄严无等伦．

无边行愿利有请，各遂所求皆不退．

南无东方琉璃光世界药师琉璃光如来．

接着持念＂南无药师琉璃光如来＂名号一百零八遍．

行者顶礼三拜上座：诵藥师琉璃光如来真言．

先诵大咒三遍：诵咒时，即观想自己心际上有一轮明月由顶穴而出，住于对面虚空上有一金黄色之咒轮放出无量光芒，照射一切人病苦皆除，受安隐乐．

咒文：南無薄伽伐帝鞞殺社。窶嚕薜琉璃缽囉婆。喝喇闍也怛他揭多耶。阿囉訶帝彡藐三勃陀耶。怛侄他唵。鞞殺逝鞞殺逝。鞞殺社三沒揭帝莎訶。

咒文：嗡虎鲁，虎鲁战孥里，摩登耆．莎诃．

诵咒与观想宜於坐中进行当按七支坐法安坐．

弟子某某，愿将所修功德悉将回向．．．与法界众生．愿消三障，福慧增长诸事遂顺，同证菩提．

焚香顶礼三拜．即可下座出坛