小规模纳税人开的增值税专用发票，应该是由部门代开的“征收率”为3%的增值税专用发票，这种代开的“征收率”为3%的增值税专用发票，可以抵扣，按照代开的增值税专用发票注明的税额抵扣。
值税专用发票抵扣规定是取得合法扣税凭证。纳税人取得的增值税扣税凭证不符合法律、行政法规或者国务院税务主管部门有关规定的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。
增值税专用发票：一般纳税人(从国内)购进货物或者应税劳务的进项税额，为从销售方取得的“增值税专用发票”上注明的增值税税额。
海关进口增值税专用缴款书：一般纳税人进口货物的进项税额，为从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税税额。
农产品收购发票：按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和规定的扣除率计算进项税额抵扣。
代扣代缴税款的完税凭证：符合规定的国内旅客运输发票。
一般纳税人采用增值税一般计税方法,而小规模纳税人采用简易计税方法。增值税对小规模纳税人采用简易征收办法,对小规模纳税人适用的税率称为征收率。
根据我国现行对小规模纳税人的规定,小规模纳税人大部分自己只能开具增值税普通发票,一般是5%或3%的征收率。小规模纳税人没有权利购买增值税专用发票及自行向购货方开具,如果必须向购货方开具增值税专用发票的,可以向主管税务机关申请代为开具,销项税率一般为3%。对于一般纳税人而言,即使是从小规模纳税人购进应税劳务、服务或者应税货物,只要收到合理的增值税专用发票,均可以抵扣联进行进行税额抵扣。
所以一般纳税人在收到小规模纳税人申请代开的增值税专用发票,大可消除疑虑,直接进行抵扣。
对于小规模企业日常开具的增值税普通发票,一律不能进项抵扣。增值税普通发票只能作为经济业务真实有效交易的凭据,但是由于普通发票本身是用征收率和销售额进行核算,并非是增值税率,其税额本身不能构成进项税额抵扣。因此普通发票不能抵扣。
小规模纳人自行开具增值税专用发票限于三个行业：住宿业、建筑业、鉴证咨询业。但不是在任何情况下都可以自行开具增值税专用发票。
增值税纳税人按月申报月销售额不超过3万元或按季申报不超过9万元免征增值税，这就说明当月或当季开票不含税金额在3万元或9万元以内，纳税人不需要缴纳增值税。
如果上述三个行业的小规模纳税人在月销售额3万元或季销售额9万元之内自行开具增值税专用发票，当月不需要缴纳增值税。大家知道，增值税专用发票增值税额可以抵扣，允许抵扣的前提就是增值税专用发票的增值税额已缴纳入库。
上述三个行业的小规模纳税人在免税额度内开具增值税专用发票势必导致没有入库的增值税款被用于抵扣。因此，相关文件规定，上述三个行业的小规模纳税人只有在月销售额超过3万或季销售额超过9万才可以自行开具增值税专用发票，如果月销售额没有超过3万或季销售额没有超过9万需要开具增值税专用发票时仍需要到税务机关代开。税务机关代开专票会保证所开专票的增值税税额及时入库，取得专票的纳税人才可以抵扣。
1、如果小规模纳税人季度销售额不超过30万元，未开专票，可以享受小微免税，开了专票，必须就开专票的部分交税。 2、如果小规模纳税人季度销售额超过了30万元（不考虑销售不动产业务），无论是否开票，开的是什么票，均需全额纳税。 3、如果小规模纳税人季度销售额超过了30万元，未开专票，但扣除销售不动产的销售额之后仍未超过30万元，则差额部分可享受小微免税，不动产销售额按照5%交税。
