java类属于分析软件吗

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常用分子生物学软件的入门介绍

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《大话软件工程——需求分析与软件设计》面向从事软件分析与设计相关工作的读者。《大话软件工程——需求分析与软件设计》的重点是在软件工程中增加了业务设计和应用设计的部

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《大话软件工程——需求分析与软件设计》面向从事软件分析与设计相关工作的读者。《大话软件工程——需求分析与软件设计》的重点是在软件工程中增加了业务设计和应用设计的部分，提出了软件设计工程化的模式，支持进行定性、定量的软件项目管理，是一本实操型的软件工程工具书。全书共分为6篇22章，分别介绍了业务分析与设计的理论、需求工程的调研与分析方法、业务的分析与设计方法、应用设计方法、业务用例和应用用例的编写方法、需求和设计的配套模板、规格书标准等。 《大话软件工程——需求分析与软件设计》可作为软件工程师（包括需求、设计、开发、实施）、产品/项目经理、管理咨询师的实用工具书、培训机构的设计资格培训教材，以及普通高等院校管理信息专业、计算机专业学生学习软件设计方法的参考书。

第1章　知识体系概述 2

1.2.2　工程分解（横轴） 9

1.2.3　工作分解（纵轴） 10

1.2.4　工程与工作的分解区别 10

1.3　知识框架的构成 11

1.3.2　软件工程知识体系框架 12

1.4　本书的思路与方法 15

1.4.2　面向过程与面向对象 17

第2章　分离原理 20

2.2　业务与管理的概念 25

2.2.3　业务与管理的区别 27

2.2.4　业务与管理的相对性 29

2.2.5　业务与管理的特性 30

2.3　分离1——业务与管理 32

2.3.3　业务流程与审批流程的分离 34

2.4.2　组织、业务与管理的关系 36

2.4.3　组织与业务流程的关系 37

第3章　组合原理 41

3.2　组合三元素1——要素 44

3.2.3　要素属性1——粒度与分层 47

3.2.4　要素属性2——黑盒与白盒 49

3.2.5　要素属性3——系统与模块 52

3.2.6　要素属性4——解耦与内聚 54

3.3　组合三元素2——逻辑 57

3.3.4　逻辑的表达1——架构 61

3.3.5　逻辑的表达2——功能 62

3.3.6　逻辑的表达3——数据 63

3.3.7　逻辑的表达4——管理 63

3.4　组合三元素3——模型 64

第4章　分析模型与架构模型 72

4.1　基本用语约定 72

4.2　图形符号说明 73

4.3　分析模型1——关联图 77

4.4　分析模型2——鱼骨图 80

4.5　分析模型3——思维导图 81

4.6　分析模型4——排比图（一维） 83

4.7　分析模型5——排比图（二维） 86

4.8　架构模型1——拓扑图 88

4.9　架构模型2——分层图 90

4.10　架构模型3——框架图 93

4.11　架构模型4——分解图 96

4.12　架构模型5——流程图 98

4.13　其他模型——交互图 100

第5章　需求工程概述 106

5.3.1　工程分解1——需求调研 113

5.3.2　工程分解2——需求分析 113

5.3.3　需求调研与需求分析 113

5.3.4　需求工程资料的应用 114

5.4.1　需求调研的工作分解 115

5.4.2　需求分析的工作分解 115

5.5　需求体系的建立 115

第6章　需求调研 118

6.3　记录方式1——现状构成（图） 131

6.4　记录方式2——访谈记录（文） 136

6.5　记录方式3——既存表单（表） 138

第7章　需求分析 146

7.3　需求分析1——现状构成图 153

7.4　需求分析2——访谈记录 155

7.4.2　分析与转换1——目标需求 156

7.4.3　分析与转换2——业务需求 158

7.4.4　分析与转换3——功能需求 160

7.4.5　分析与转换4——待定需求 162

7.5　需求分析3——既存表单 164

7.6.3　功能需求规格书（需求4件套） 167

第3篇　设计工程——概要设计

第8章　设计工程概述 174

8.2.1　工程分解1——概要设计 182

8.2.2　工程分解2——详细设计 182

8.2.3　工程分解3——应用设计 183

8.2.4　工程分解4——三个阶段的关系 183

8.2.5　业务设计与技术设计的关系 184

8.2.6　工程分解与资料引用 185

8.3.4　工作分解4——三分层的关系 187

8.3.5　工作分解5——业务与技术的分层关系 188

8.8　验证用例与规格书 192

第9章　架构的概要设计 198

9.2　设计基础——设计规范 205

9.3　设计基础——基础手法 207

9.4　架构的整体规划——拓扑图 211

9.5　架构的分层规划——分层图 213

9.6　架构的区域规划——框架图 216

9.7　架构的结构规划——分解图 218

9.8　架构的流程规划——流程图 220

第10章　功能的概要设计 234

第11章　数据的概要设计 254

11.2.2　数据与业务功能的对应 260

11.2.3　数据与软件工程的对应 261

第4篇　设计工程——详细设计

第12章　架构的详细设计 276

12.2　流程设计（流程5件套） 278

12.3　流程回归——泳道式流程 284

12.4　流程监控——审批流程 287

12.4.3　审批流程与业务流程的区别 288

第13章　功能的详细设计 291

13.3　模板（业务功能规格书） 297

第14章　数据的详细设计 323

14.4.6　表的区别（业务与技术） 339

14.6　多角度理解数据逻辑 354

14.6.1　逻辑的不同表达：架构层与数据层 354

14.6.2　业务与技术的逻辑表达 355

第5篇　设计工程——应用设计

第15章　应用设计概述 360

第16章　架构的应用设计 374

16.2　应用架构设计的概念 377

16.3　应用架构设计1——框架图 381

16.3.3　技术框架的介绍（参考） 383

16.4　应用架构设计2——业务流程 383

16.5　应用架构设计3——审批流程 389

第17章　功能的应用设计 392

17.3　组件设计2——控件（按钮） 412

17.4　组件设计3——业务组件规格书 420

第18章　数据的应用设计 433

18.5　关于企业信息孤岛问题 443

第19章　管理设计 448

第20章　价值设计 478

20.5　客户价值的检验方法 489

第21章　用例设计 493

附录A　能力提升训练 534

A.1　观察能力的训练 534

A.2　软件设计师的三字经 540

A.2.1　拆：理解对象的钥匙 541

A.2.2　组：表达业务的手法 542

A.2.3　挂：随需应变的机关 542

A.3　空间能力的训练 543

A.3.3　三维绘画：建立空间感 544

A.4.1　管理系统边界的消失 547

搞生物、同学如果对生命科学领域所有软件都了如指掌，那做事情必然会事半功倍。如果你对这些不了解，那就听师兄给你一一道来。

下面的内容比较多，平时可以将下面的内容作为目录来收藏，权当做工具辞典来用。

RASMOL：观看生物分子 3D 微观立体结构

CHIME：直接在浏览器中观看 3D 分子

MolMol：将 pdb 等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件

CrystInfo：用来快速、容易地构建、观察与检查晶体 3D 结构

Weblab Viewlite：三维分子浏览工具及大量分子文件例子

ICMLite：三维分子浏览工具，有一些其他软件没有的功能

VMD：三维分子浏览工具，可以进行动态显示

CN3D：3D 分子结构观察软件

WPDB：PDB 文件检索显示分析软件

DTMM：三维分子模型显示、编辑与构建程序

Mole：高性能的大分子三维图形显示计算工具

gopenmol：显示并分析分子结构及其特性

POV-Rayv：生成三维图像工具软件

Mol2Mol：分子文件格式转换软件

PLATON：通用结晶学软件工具

Mage：读取并演示 Kinemage 格式文件的专用软件

DINAMO：蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具

StrukEd ：化学分子编辑与三维模型生成软件

JMVC：使用 JAVA 技术编写的三维分子查看器

ReView：读取及分析 XYZ 格式三维分子文件

Oscail：用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包

Moilin：分子构建与观察软件

Biodesigner：免费的分子建模与显示软件

MoluCAD：全功能的分子建模与显示工具软件

MarvinView：JAVA 语言编写的化学分子二维与三维显示程序

Amira：高等三维显示建模系统

Visualize：分子建模和研究软件包

Sojourner：找出小蛋白的最小能量构形并实时演示的软件

JaMBW：分子生物学软件包

DNATool：功能很全面的 DNA 序列分析工具包

pDRAW：DNA 分析与绘图软件，可绘制线性或环形 DNA 图

ANNHYB：用来帮助进行 引物设计与基因探针设计的软件

ABIView：ABI 格式文件显示与编辑软件

Chromas：ABI 格式文件显示与编辑软件

DNAProbe：核苷酸序列设计工具

DnaSP：DNA 序列种群遗传学分析软件

ACT R1：以 Java 语言写成的序列比较查看器

GDA：主要用来进行不连续基因数据的分析

RDP：从一组排队比较 (Align) 的核酸序列中查找潜在的重组体软件

MehCalc：自动计算 DNA 序列热力学数据的 Excel 电子表格宏软件

基因探索者：中文界面的功能集成、高效、快捷的基因分析软件

Genalysis：比较基因组或大量基因序列的工具软件

ANTHEPROT：蛋白序列分析软件包

pSAAM：蛋白序列分析软件包

VHMPT：螺旋状膜蛋白拓扑结构观察与编辑软件

aminoXpress：免费的多功能蛋白分析软件包

mmp.zip：将生化代谢中的各种途径用图表的形式表示出来

protlab：蛋白质纯化仿真软件

MOLMED.ZIP：生化基础概念演示教学程序

photo：光合作用教学程序

Adrenalin：肾上腺素在肝糖原代谢中的作用演示

brd.zip：生物反应器 (发酵罐) 设计软件

PenSimv：青霉素发酵模拟软件

vised：序列输入分析和格式转换软件

ForCon：多序列文件格式转换软件

RevComp：序列格式转换软件

Oligo：引物分析著名软件

pcgene：分子生物应用软件

MACAW：多序列构建与分析软件

Clustal W：用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较的软件

FASTA：数据库中查找同源序列软件

GeneDoc：对序列进行相关分析等操作

BLAST 与 Blastcl3：数据库中查找类似序列的软件及客户端软件

SeqPup 0.9：生物分子序列编辑与分析软件

K-Estimator 5.5：进化基因学研究软件，评估两条核酸序列核苷酸替代数

BioEdit：序列编辑器与分析工具软件

DAMBE：综合性序列工具软件

LaserGene：综合性序列工具软件

SeaView：图形化多序列队列编辑器

Jalview：用 Java 语言写的多序列队列编辑器

DNASIS：序列综合分析工具

Jellyfish：多功能序列分析软件

ProSeq：核酸序列编辑与种群遗传学分析软件

SMS：DNA 与蛋白序列分析与格式化在线工具集合

Omiga：核酸与蛋白序列综合性分析软件

Staden：综合序列分析工具软件包

ISYS：NCGR 开发的用 JAVA 语言写成的数个不同类生物信息软件与数据库的软件集合平台

PhyloGrapher：用来显示与研究相类似的基因与蛋白序列之间的进化关系的软件

phylip：进化树分析软件，并可绘制进化树

GeneTree：比较基因与种系进化树的程序

NDE：用来编辑 NEXUS 格式文件的程序

TreeMap：用来可视化地比较主、从进化树的程序

Spectrum：分析进化信息而不用将之转化为进化树的软件

Phyltools：计算与处理进化树数据的软件

tree-puzzle：核酸序列、蛋白序列相似性分析及进化树构建工具

TREECON：构建和绘制进化树的软件包

ProBiosys 比较表现型分类法数据和分析计算核酸序列数据距离值的软件

WinPlas：质粒绘图软件商业版

DMUP：环状质粒绘图软件测试版

pDRAW：DNA 分析与绘图软件，可绘制线性或环形 DNA 图

Image Tool：科学用途的处理图像软件

Image J：用 Java 语言写成的科学用途的处理图像软件

OSIRIS：通用医学图像处理与分析软件

Smart Draw：流程图绘制软件演示版

GIMPWin：图像处理自由软件

ChromoZoom：比较两个图像的相同与不同之处软件

bandscan：蛋白凝胶电泳图像分析软件

SigmaGel：凝胶图像分析软件

Lablmage：凝胶图像分析软件

GelDiff：定量比较两个 2D 凝胶图像的不同之处的 JAVA 软件

Timediff：分析蛋白/基因表达图谱时间序列的 JAVA 软件

QuantiScan：使用简单功能专一的凝胶扫描、分析软件

PDQuest：分析 2 维凝胶并生成数据库的标准软件

NoSA：中文非典型数据统计分析系统

CrossGraphs：多变量数据库图形显示软件

SigmaPlot：绘图和数据分析软件包 30 天全功能评估版

SYSTAT：数据统计分析与作图的利器 30 天全功能演示版

SigmaStat：智能统计软件 30 天全功能演示版

PeakFit：自动分离、拟合与分析非线性数据软件

TableCurve：自动两维曲线拟合与经验公式查找软件

TableCurve ：自动三维曲面拟合与经验公式查找软件

SPSS：非常权威且有名的数据统计处理软件 30 天全功能演示版

Origin：易于使用的科学用途数据绘图与数据分析处理工具软件

DATb：进行生物曲线拟合与数据分析的免费软件

数据作图助手：对实验结果进行数据分析和作图的专业软件

PatentIn：用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件

Checker：用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件

ica32t.exe：中国生物学文献数据库检索客户端软件

PathDB 检索程序：(代谢途径数据库) 检索程序

Book Express：专门用于超星数字图书下载的工具软件

EndNote：专业参考文献查询软件

Procite：参考资料检索管理软件

Refs：参考文献管理软件

Scholars Aid：文献参考资料等日常资料的整理软件

paperworks：免费的参考文献管理软件

KD：知识仓库建库管理系统

AMADA：用来组织、研究、显示、分析微数组 (Microarray) 数据软件

ScanAlyze：进行微矩阵荧光图像分析软件

Cluster：对大量微矩阵数据组进行分析处理的软件

AMAD：微数组数据库

ArrayMakerv：Stanford 大学 Brown 实验室提供的基因芯片研究全套设备相配套的软件与文档

digitizer：图形数字化软件，可以将曲线图转化为数据与等式

DynaFit：酶动力学数据或配体—受体结合数据处理软件

Migrate：从遗传学角度，估算人口移民率程序

正交设计助手：正交实验设计辅助工具软件

FBAT：家族遗传相联检验的统计程序

GGT32：图形化基因型表示软件

CERVUS：使用共显性标记数据推断亲缘关系的软件

Jarnac：代谢过程模拟软件包

Gepasi：化学与生物化学反应动力学仿真与优化软件

BCT：趋向性模拟程序

StochSim：随机生物化学反应模拟软件

Bio_MW：生物化学分子量计算软件

MatchCode：将蛋白和核酸序列进行简单匹配和格式化输出的中文软件

Map Manager：回交、杂交与重组自交系分析遗传作图实验结果的软件

MolEco：以遗传学方法评估杂乱交配频率的软件

免疫室管理系统：中文免疫室综合软件

MICE：虚拟动物饲养设施，用来帮助管理饲养设施中的实验动物软件

DBsolve：代谢及酶—受体结合模拟软件

boxit：管理生物样品的数据库系统

健康药霸：药典类的软件

AceDB：基因组数据库软件

quantiRT：内置宏程序，用来辅助定量 实验的 Excel 文件

BateView：管理与追踪小型的实验鼠生殖群体的 Excel 文件

MassXpert：帮助科学家预测与分析从蛋白组学研究中获得的蛋白质质谱数据的软件

Viewer：磁共振图谱文件的免费软件

WinMDIver：分析流式细胞仪数据文件的免费软件

TestDNA：根据已知成分值生成细胞周期 FCS 文件的免费工具软件

gX-Path Vision：生成、编辑与显示生物代谢途径的工具软件

生物五笔：生物医学专业输入法

ACD/CHEMSKETCH：绘制分子结构的免费软件及其汉化版

clip.zip：化学图片集，含有近 400 幅与化学有关的 GIF 图片

ISIS DRAW：绘制化学结构式的免费软件

ChemWindows：绘制化学结构式的免费软件

MarvinSketch：JAVA 语言编写的小巧好用的化学结构式绘制程序

ChemPen：绘制化学结构式软件

ChemPen+：绘制化学结构式软件

ChemPen：绘制化学结构式软件

hxfc.zip：化学方程式配平软件

alkne.exe：有机化学命名练习程序

CAF：计算机辅助配方软件

元素屋：查询 112 种元素的各个信息的中文软件

化学反应方程式编辑器：制作化学反应方程式、离子方程式、分子式、离子式等

CRS：化学反应方程式配平器

化学品电子手册：一个综合性的化学品手册

sewer：网上常用在线工具集合，本地版

DAS：蛋白跨膜预测服务器、输入蛋白序列，预测跨膜区域

TopPred：蛋白预测服务器提供的膜蛋白拓扑学预测在线工具

SOSUI：膜蛋白分类和二级结构预测在线工具

PSIpred-MEMSAT：进行二级结构预测与跨膜拓朴结构预测

HMMTOP：预测蛋白序列的跨膜螺旋与拓扑结构服务器

SMART：提供蛋白序列，在结构域数据库中查询/显示出其结构域及跨膜区等

TMpred：预测蛋白序列跨膜区

TMHMM：预测蛋白的跨膜螺旋

SPLIT：膜蛋白二级结构预测服务器

PRED-TMR：提供基于 SwissProt 数据库统计分析的预测蛋白跨膜片段的服务

TMAP：提供预测蛋白跨膜片段的服务

解链温度计算器：JAVA 语言写的寡核苷酸计算器，给出核酸序列，计算 GC 百分比、解链温度、长度、分子量。可以下载后使用，当小计算器

BCMgene-finder：核酸序列查找服务器，提交核酸序列，选择相应的数据库，进行序列查找

Prime3：比较有名的在线引物设计程序

Refs：参考文献管理软件

Scholars Aid：文献参考资料等日常资料的整理软件

paperworks：免费的参考文献管理软件

KD：知识仓库建库管理系统

想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法的你，都可以成为师兄的好伙伴

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