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【求助】连锁不平衡分析&[精华]
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这个帖子发布于8年零334天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
我做的结果如下。仅分析了case的连锁不平衡情况。148 controls & 100 cases observed--------------------------------------------------------------------------Linkage Disequilibrium testsD': Site2Site1
0.738 r2: Site2Site1
0.529-------------------------------------但位点1不符合哈迪温格森平衡，那请问我的这两个位点属于连锁不平衡吗？可与对照比，第一个位点没有意义，第二个位点有意义。我做的结果如下。仅分析了case的连锁不平衡情况。148 controls & 100 cases observed--------------------------------------------------------------------------Linkage Disequilibrium testsD': Site2Site1
0.738 r2: Site2Site1
0.529-------------------------------------但位点1不符合哈迪温格森平衡，那请问我的这两个位点属于连锁不平衡吗？可与对照比，第一个位点没有意义，第二个位点有意义。最近几年来，分子遗传标记很热！所以其分析一直是很多人关心的问题！查看了很多国内文献，错误很多！园子里的相关问题也很多！所以开此贴方便大家谈论，学习！希望高手留下宝贵经验！希望初学者也把自己心得体会留下！liyi3344520
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提问题之前，请查阅此贴！1.遗传统计学大讨论
[精华] 2.紧急求助： 关于连锁不平衡的问题，多谢了！3,连锁不平衡系数与单倍型频率计算 4,Re:【求助】连锁不平衡的SNP位点与癌的相关性 5.我们为什么要研究&连锁不平衡& 6.请问大家什么软件能做连锁不平衡的计算呢 7.SNP连锁不平衡计算讨论帖8.询问两个概念，传递不平衡vs连锁不平衡9求助:正在自学医学遗传学，请教几个问题！10【求助】HLA-A、B、DR的连锁不平衡参数该用什么程序11.H-W平衡和连锁不平衡的矛盾? 12.菜鸟请教连锁不平衡13.求助：连锁不平衡结果分析！！！14.Re:【求助】请大家帮我分析一下连锁不平衡结果15.Re:【求助】核心家庭连锁不平衡的对照问题？ 16.Re:【交流】连锁不平衡中的D'和r2 的意义和关系
17.【紧急求助】【2分酬谢】单体型及连锁不平衡分析18.急求连锁不平衡系数的计算公式！
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人类基因组中连锁不平衡（linkage disequiibrium， LD）的程度和分布情况在基因定位中极其重要，无论是作为复杂疾病精细定位时的工具，还是作为未来全基因组关联分析的基础。另外，连锁不平衡的知识还有助于有关人类的历史和起源，染色体重组等的研究。本节将从连锁不平衡的理论基础，如何应用在复杂疾病的研究中，这一方法存在的局限性，以及一些统计遗传软件的介绍来试图给出这一遗传疾病研究的重要工具的大概。连锁不平衡分析的群体遗传学基础连锁不平衡的含义连锁不平衡又称等位基因关联（allelic association）,其原理其实很简单。假定两个紧密连锁的位点1，2，各有两个等位基因（A,a; B,b），那么在同一条染色体上将有四种可能的组合方式：A-B,A-b,a-B,和a-b。假定等位基因A的频率为Pa，B的频率为Pb，那么如果不存在连锁不平衡（如组成单倍型的等位基因间相互独立，随机组合）单倍型A-B的频率就应为PaPb。而如果A与B是相关联的，单倍型A-B的频率则应为PaPb＋δ，δ是表示两位点间LD程度的值。如果位点2上的等位基因B与疾病易患性有关，那么将会观察到等位基因A的频率在病人群体中高于对照群体。换句话说，等位基因A与该疾病性状相关。事实上，可以检测遍布基因组中的大量遗传标记位点，或者候选基因附近的遗传标记来寻找到因为与致病位点距离足够近而表现出与疾病相关的位点，这就是等位基因关联分析或连锁不平衡定位基因的基本思想。产生和破坏连锁不平衡的因素基因组中紧密连锁的基因位点在随机交配的群体中经过许多世代的重复交换而被随机化，出现了连锁平衡。概括地说，连锁不平衡可能有如下三个原因：1，被考察的群体来源于等位基因频率不同的群体，而且两个群体混合的时间不足以产生完全的随机化。2，两个基因位点之间的距离非常接近，以至于尚未经历足够的世代来被重组分开。3，某些连锁基因位点的等位基因的组合（单倍型）通过自然选择保持较高的频率。当由于以上原因群体开始偏离连锁平衡时，达到新的平衡所需的时间取决于基因位点间连锁的紧密程度：连锁越紧密，达到平衡的时间就越长。
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人类基因组中连锁不平衡（linkage disequiibrium， LD）的程度和分布情况在基因定位中极其重要，无论是作为复杂疾病精细定位时的工具，还是作为未来全基因组关联分析的基础。另外，连锁不平衡的知识还有助于有关人类的历史和起源，染色体重组等的研究。本节将从连锁不平衡的理论基础，如何应用在复杂疾病的研究中，这一方法存在的局限性，以及一些统计遗传软件的介绍来试图给出这一遗传疾病研究的重要工具的大概。连锁不平衡分析的群体遗传学基础连锁不平衡的含义连锁不平衡又称等位基因关联（allelic association）,其原理其实很简单。假定两个紧密连锁的位点1，2，各有两个等位基因（A,a; B,b），那么在同一条染色体上将有四种可能的组合方式：A-B,A-b,a-B,和a-b。假定等位基因A的频率为Pa，B的频率为Pb，那么如果不存在连锁不平衡（如组成单倍型的等位基因间相互独立，随机组合）单倍型A-B的频率就应为PaPb。而如果A与B是相关联的，单倍型A-B的频率则应为PaPb＋δ，δ是表示两位点间LD程度的值。如果位点2上的等位基因B与疾病易患性有关，那么将会观察到等位基因A的频率在病人群体中高于对照群体。换句话说，等位基因A与该疾病性状相关。事实上，可以检测遍布基因组中的大量遗传标记位点，或者候选基因附近的遗传标记来寻找到因为与致病位点距离足够近而表现出与疾病相关的位点，这就是等位基因关联分析或连锁不平衡定位基因的基本思想。产生和破坏连锁不平衡的因素基因组中紧密连锁的基因位点在随机交配的群体中经过许多世代的重复交换而被随机化，出现了连锁平衡。概括地说，连锁不平衡可能有如下三个原因：1，被考察的群体来源于等位基因频率不同的群体，而且两个群体混合的时间不足以产生完全的随机化。2，两个基因位点之间的距离非常接近，以至于尚未经历足够的世代来被重组分开。3，某些连锁基因位点的等位基因的组合（单倍型）通过自然选择保持较高的频率。当由于以上原因群体开始偏离连锁平衡时，达到新的平衡所需的时间取决于基因位点间连锁的紧密程度：连锁越紧密，达到平衡的时间就越长。
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这些东西是基于统计学的，因此，仅仅放一个数字是没有意义的，关键是和别的数据去比，只要和别的数据显著不同，就可以说这一区域或者这一组样本存在一些特别的东西，那么用什么做背景呢，可以是其他组的样本，如你的control，也可以是基因组或染色体或染色体区域的平均水平另外，不符合HW平衡有很多原因，你也要具体分析
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bioyoung 这些东西是基于统计学的，因此，仅仅放一个数字是没有意义的，关键是和别的数据去比，只要和别的数据显著不同，就可以说这一区域或者这一组样本存在一些特别的东西，那么用什么做背景呢，可以是其他组的样本，如你的control，也可以是基因组或染色体或染色体区域的平均水平另外，不符合HW平衡有很多原因，你也要具体分析看不懂！因为是初次接触这方面的东西。能麻烦您讲得细点可以吗？另外，象这样的属于连锁不平衡吗？
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maxon 不算LD我看有些文献D'0.6多就说是连锁不平衡了。
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要D&0.7，R &0.3才符合连锁不平衡性
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人类基因组中连锁不平衡（linkage disequiibrium， LD）的程度和分布情况在基因定位中极其重要，无论是作为复杂疾病精细定位时的工具，还是作为未来全基因组关联分析的基础。另外，连锁不平衡的知识还有助于有关人类的历史和起源，染色体重组等的研究。本节将从连锁不平衡的理论基础，如何应用在复杂疾病的研究中，这一方法存在的局限性，以及一些统计遗传软件的介绍来试图给出这一遗传疾病研究的重要工具的大概。连锁不平衡分析的群体遗传学基础连锁不平衡的含义连锁不平衡又称等位基因关联（allelic association）,其原理其实很简单。假定两个紧密连锁的位点1，2，各有两个等位基因（A,a; B,b），那么在同一条染色体上将有四种可能的组合方式：A-B,A-b,a-B,和a-b。假定等位基因A的频率为Pa，B的频率为Pb，那么如果不存在连锁不平衡（如组成单倍型的等位基因间相互独立，随机组合）单倍型A-B的频率就应为PaPb。而如果A与B是相关联的，单倍型A-B的频率则应为PaPb＋δ，δ是表示两位点间LD程度的值。如果位点2上的等位基因B与疾病易患性有关，那么将会观察到等位基因A的频率在病人群体中高于对照群体。换句话说，等位基因A与该疾病性状相关。事实上，可以检测遍布基因组中的大量遗传标记位点，或者候选基因附近的遗传标记来寻找到因为与致病位点距离足够近而表现出与疾病相关的位点，这就是等位基因关联分析或连锁不平衡定位基因的基本思想。产生和破坏连锁不平衡的因素基因组中紧密连锁的基因位点在随机交配的群体中经过许多世代的重复交换而被随机化，出现了连锁平衡。概括地说，连锁不平衡可能有如下三个原因：1，被考察的群体来源于等位基因频率不同的群体，而且两个群体混合的时间不足以产生完全的随机化。2，两个基因位点之间的距离非常接近，以至于尚未经历足够的世代来被重组分开。3，某些连锁基因位点的等位基因的组合（单倍型）通过自然选择保持较高的频率。当由于以上原因群体开始偏离连锁平衡时，达到新的平衡所需的时间取决于基因位点间连锁的紧密程度：连锁越紧密，达到平衡的时间就越长。
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[精华] 2.紧急求助： 关于连锁不平衡的问题，多谢了！3,连锁不平衡系数与单倍型频率计算 4,Re:【求助】连锁不平衡的SNP位点与癌的相关性 5.我们为什么要研究&连锁不平衡& 6.请问大家什么软件能做连锁不平衡的计算呢 7.SNP连锁不平衡计算讨论帖8.询问两个概念，传递不平衡vs连锁不平衡9求助:正在自学医学遗传学，请教几个问题！10【求助】HLA-A、B、DR的连锁不平衡参数该用什么程序11.H-W平衡和连锁不平衡的矛盾? 12.菜鸟请教连锁不平衡13.求助：连锁不平衡结果分析！！！14.Re:【求助】请大家帮我分析一下连锁不平衡结果15.Re:【求助】核心家庭连锁不平衡的对照问题？ 16.Re:【交流】连锁不平衡中的D'和r2 的意义和关系
17.【紧急求助】【2分酬谢】单体型及连锁不平衡分析18.急求连锁不平衡系数的计算公式！
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谢谢loisice和liyi3344520，又加深了理解。
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首先简单介绍一下连锁不平衡概念Linkage disequilibriumIn population genetics, linkage disequilibrium is the non-random association of alleles at two or more loci, not necessarily on the same chromosome. It is not the same as linkage, which describes the association of two or more loci on a chromosome with limited recombination between them. Linkage disequilibrium describes a situation in which some combinations of alleles or genetic markers occur more or less frequently in a population than would be expected from a random formation of haplotypes from alleles based on their frequencies. Non-random associations between polymorphisms at different loci are measured by the degree of linkage disequilibrium (LD).The level of linkage disequilibrium is influenced by a number of factors including genetic linkage, the rate of recombination, the rate of mutation, random drift, non-random mating, and population structure. For example, some organisms (such as bacteria) may show linkage disequilibrium because they reproduce asexually and there is no recombination to break down the linkage disequilibrium.Linkage disequilibrium measure, DIf we look at haplotypes for two loci A and B with two alleles each—a two-locus, two-allele model—the following table denotes the frequencies of each combination:Haplotype
FrequencyA1B1
x22Note that these are relative frequencies. One can use the above frequencies to determine the frequency of each of the alleles:Allele
FrequencyA1
p1 = x11 + x12A2
p2 = x21 + x22B1
q1 = x11 + x21B2
q2 = x12 + x22if the two loci and the alleles are independent from each other, then one can express the observation A1B1 as &A1 is found and B1 is found&. The table above lists the frequencies for A1, p1, and for B1, q1, hence the frequency of A1B1, x11, is according to the rules of elementary statistics x11 = p1q1.The deviation of the observed frequency of a haplotype from the expected is a quantitycalled the linkage disequilibrium and is commonly denoted by a capital D:D = x11 - p1q1In the genetic literature the phrase &two alleles are in LD& usually means that D！=0 . Contrariwise, &linkage equilibrium& denotes the case D= 0.The following table illustrates the relationship between the haplotype frequencies and allele frequencies and D.
x11 = p1q1 + D
x21 = p2q1 - D
x12 = p1q2 - D
x22 = p2q2 + D
1D is easy to calculate with, but has the disadvantage of depending on the frequency of the alleles. This is evident since frequencies are between 0 and 1. There can be no D observed if any locus has an allele frequency 0 or 1 and is maximal when frequencies are at 0.5. Lewontin (1964) suggested normalising D by dividing it with the theoretical maximum for the observed allele frequencies. Thus D'=D/Dmax, when
D &= 0, when D&0,D'=D/Dmin .Dmax is given by the smaller of p1q2 and p2q1. Dmin is given by the larger of - p1q1 and - p2q2Another measure of LD which is an alternative to D' is the correlation coefficient between pairs of loci, denoted as r2=D2/(p1p2q1q2)
. This is also adjusted to the loci having different allele frequencies. There is some relationship between r and D' Role of recombinationIn the absence of evolutionary forces other than random mating and Mendelian segregation, the linkage disequilibrium measure D converges to zero along the time axis at a rate depending on the magnitude of the recombination rate c between the two loci.Using the notation above, D = x11 - p1q1, we can demonstrate this convergence to zero as follows. In the next generation, x11', the frequency of the haplotype A1B1, becomesx'11=(1-c)x11+cp1q1 This follows because a fraction (1 - c) of the haplotypes in the offspring have not recombined, and are thus copies of a random haplotype in their parents. A fraction x11 of those are A1B1. A fraction c have recombined these two loci. If the parents result from random mating, the probability of the copy at locus A having allele A1 is p1 and the probability of the copy at locus B having allele B1 is q1, and as these copies are initially on different haplotypes, these are independent events so that the probabilities can be multiplied.This formula can be rewritten as x'11-p1q1=(1-c)(x11-p1q1)so that D1=(1-c)D0where D at the n-th generation is designated as Dn. Thus we have Dn=(1-c)**n*D0If
n→∞, then(1-c)**n →0, so that Dn converges to zero.If at some time we observe linkage disequilibrium, it will disappear in future due to recombination. However, the smaller the distance between the two loci, the smaller will be the rate of convergence of D to zero.摘自“http://en.wikipedia.org/wiki/Linkage_disequilibrium”
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liyi3344520 edited on
各位师兄师姐好：我用SHESIS程序做的结果如下。336 controls & 156 cases observed--------------------------------------------------------------------------Linkage Disequilibrium testsD': 95333
0.054r2: 95333
0.001Haplotype analysis(All those frequency&0.03 will be ignored in analysis.)Loci chosen for hap-analysis: 33, 953
Case(freq)
Control(freq)
MonteCarlo p
Fisher's p
Pearson's p
Odds Ratio [95%CI]C A*
118.12(0.176)
27.51(0.088)
0...205 [1.422~3.420]C T*
200.88(0.299)
131.49(0.421)
0...585 [0.443~0.774]G A*
124.88(0.186)
37.49(0.120)
0...671 [1.128~2.475]G T*
228.12(0.339)
115.51(0.370)
0...874 [0.661~1.156]-------------------------------------请问我的这两个位点是不是不属于连锁不平衡？如果没有连锁不平衡，单倍体分析还有意义吗？急求大侠帮助 ，论文就要交差，仍是一头雾水
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不错的介绍 谢谢各位 :I:I
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连锁不平衡（LD）应当从概念上去理解，在郭平仲的数量遗传学的群体遗传部分说的很清楚，建议看一下。
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很有收获，谢谢各位！
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学了很多~~
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liyi3344520 提问题之前，请查阅此贴！1.遗传统计学大讨论
[精华] 2.紧急求助： 关于连锁不平衡的问题，多谢了！3,连锁不平衡系数与单倍型频率计算 4,Re:【求助】连锁不平衡的SNP位点与癌的相关性 5.我们为什么要研究&连锁不平衡& 6.请问大家什么软件能做连锁不平衡的计算呢 7.SNP连锁不平衡计算讨论帖8.询问两个概念，传递不平衡vs连锁不平衡9求助:正在自学医学遗传学，请教几个问题！10【求助】HLA-A、B、DR的连锁不平衡参数该用什么程序11.H-W平衡和连锁不平衡的矛盾? 12.菜鸟请教连锁不平衡13.求助：连锁不平衡结果分析！！！14.Re:【求助】请大家帮我分析一下连锁不平衡结果15.Re:【求助】核心家庭连锁不平衡的对照问题？ 16.Re:【交流】连锁不平衡中的D'和r2 的意义和关系
17.【紧急求助】【2分酬谢】单体型及连锁不平衡分析18.急求连锁不平衡系数的计算公式！学习了，非常感谢分享！！！
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终于有所明白了，谢谢各位1
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liyi3344520 提问题之前，请查阅此贴！1.遗传统计学大讨论
[精华] 2.紧急求助： 关于连锁不平衡的问题，多谢了！3,连锁不平衡系数与单倍型频率计算 4,Re:【求助】连锁不平衡的SNP位点与癌的相关性 5.我们为什么要研究&连锁不平衡& 6.请问大家什么软件能做连锁不平衡的计算呢 7.SNP连锁不平衡计算讨论帖8.询问两个概念，传递不平衡vs连锁不平衡9求助:正在自学医学遗传学，请教几个问题！10【求助】HLA-A、B、DR的连锁不平衡参数该用什么程序11.H-W平衡和连锁不平衡的矛盾? 12.菜鸟请教连锁不平衡13.求助：连锁不平衡结果分析！！！14.Re:【求助】请大家帮我分析一下连锁不平衡结果15.Re:【求助】核心家庭连锁不平衡的对照问题？ 16.Re:【交流】连锁不平衡中的D'和r2 的意义和关系
17.【紧急求助】【2分酬谢】单体型及连锁不平衡分析18.急求连锁不平衡系数的计算公式！
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受益匪浅，谢谢
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非常有用，谢了。
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学习了，真的感谢！
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谢谢楼上的大段详细解释！
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yshtao65 连锁不平衡（LD）应当从概念上去理解，在郭平仲的数量遗传学的群体遗传部分说的很清楚，建议看一下。请问在哪里能看淡郭平仲的数量遗传学的群体遗传部分？
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谢谢了~~对于我们初学者太重要了
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很好，刚好需要，太感谢了
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谢谢啦，真的很有用啊！
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谢谢了！学习之~！
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学习了，不过随着二代测序，这项不知有否变更
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