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【求助】求关于单增李斯特菌的MLST分析方法
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这个帖子发布于2年零117天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
本人最近在做单增李斯特菌的MLST，现在所有数据的ST型已经全部查出，之后的进化树制作就不知道怎么弄了，在文献上看到有的是用eBURST 软件，有的用的是BioNumerics软件绘制进化树，在论坛上看到一个关于eBURST 软件的
“eburst软件请登录进行操作,具体也参见上述论文.”，但是打开以后没有找到关于单增李斯特菌的，请各位大神指点绘制进化树的方法，万分感谢！！
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LZ 有些概念需要再理顺一下。mlst.net的数据库集合了eburst工具，可以直接调用数据库分析。而单增的MLST数据库由巴斯德研究所维护，网站应该是使用他们自己开发的软件，因此没有直接分析的链接。不过eburst本质上只是数学计算，所以不牵涉到菌种关系，你直接在
这里输入你需要分析的数据集即可，不过一定要注意数据格式，错误的数据格式是不被接受的。既然你是在读的研究生，那就好好的读一下manual先吧。遇到具体问题再来问吧。eburst出的图不满意，但是又没有Bionumerics的，我推荐尝试http://www.phyloviz.net/，虽然我自己没有用他画过MLST图，但它可以做cgMLST，做个MLST应该也是可以的。
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丁香园版主
分析MLST数据一般有两种方法：一种是利用等位基因谱做分析，就是楼主提到的eBURST软件或Bionumerics软件，两者其实分析方法是一致的，不过Bionumerics作出来的图漂亮点，但是Bionumerics软件比较贵；eBURST软件是免费的，而且可以预测每个克隆复合体中的祖先基因型。另外一种就是利用MLST中7个管家基因的串联序列做系统发育树，很多软件都可以用，如著名的MEGA
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LZ不知道你是哪个单位的，不知道你是做食品还是农业领域的？我也是做单增的，MLST也做过一些。bionumerics的MLST插件可以做MSTree（最小生成树），常见的文章中彩图一般都是用这个做的，本质就是根据7个位点的分配号构建“能量”最小的生成结构。个人认为用MSTree分析某个菌种的管家基因进化关系时才有意义，因为只有型别足够丰富，才能画出可能的进化方向和结构。eburst本质上也是根据7个位点的差异构建group，你可以设置参数来绘制所有性别的eburst图，它和mstree最大的差别是他不牵涉到菌株数量。MSTREE因为有菌株数这个参数，所以当同一个数据集中不同数据拿出来画，有时候结构会根据菌株数发生变化。如果你要做的是7个管家基因的进化树，一般是根据这7个基因对应MLST的剪切序列合并后，用NJ或ML法构建系统发生树，常用的软件有MEGA，raxml, phyml等。这才能在“一定程度上”反应菌株的进化关系，而前面2种图，个人认为不是用来做“真正”进化的。
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我是在上研究生，做的毕业课题，现在写论文，做MLST就是想分析一下分离的菌株的差异，因为bionumerics软件是商业软件，我分析这个数据应该也就用eburst了，但是我也还不会用，能不能请大神指点一下eburst的具体用法啊。
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我现在找到的关于eburst软件的也就这个网址了，http://eburst.mlst.net/v3/mlst_datasets/，但是这上面没有关于单增的，大神们，还有没有其他的网址啊？？
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LZ 有些概念需要再理顺一下。mlst.net的数据库集合了eburst工具，可以直接调用数据库分析。而单增的MLST数据库由巴斯德研究所维护，网站应该是使用他们自己开发的软件，因此没有直接分析的链接。不过eburst本质上只是数学计算，所以不牵涉到菌种关系，你直接在
这里输入你需要分析的数据集即可，不过一定要注意数据格式，错误的数据格式是不被接受的。既然你是在读的研究生，那就好好的读一下manual先吧。遇到具体问题再来问吧。eburst出的图不满意，但是又没有Bionumerics的，我推荐尝试http://www.phyloviz.net/，虽然我自己没有用他画过MLST图，但它可以做cgMLST，做个MLST应该也是可以的。
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kikor LZ 有些概念需要再理顺一下。mlst.net的数据库集合了eburst工具，可以直接调用数据库分析。而单增的MLST数据库由巴斯德研究所维护，网站应该是使用他们自己开发的软件，因此没有直接分析的链接。不过eburst本质上只是数学计算，所以不牵涉到菌种关系，你直接在
这里输入你需要分析的数据集即可，不过一定要注意数据格式，错误的数据格式是不被接受的。既然你是在读的研究生，那就好好的读一下manual先吧。遇到具体问题再来问吧。eburst出的图不满意，但是又没有Bionumerics的，我推荐尝试http://www.phyloviz.net/，虽然我自己没有用他画过MLST图，但它可以做cgMLST，做个MLST应该也是可以的。 大神，我在http://eburst.mlst.net/v3/enter_data/single/上找了，但是输数据没有找到单增那个选项啊，我看Instructions里面讲的可以下载eburst软件，这个软件又是在哪里下载呢，不知是我没找对地方还是怎么回事，数据库里有其他菌的，但是就是没有单增，请大神指点指点啊！！
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大神，我在http://eburst.mlst.net/v3/enter_data/single/上找了，但是输数据没有找到单增那个选项啊，我看Instructions里面讲的可以下载eburst软件，这个软件又是在哪里下载呢，不知是我没找对地方还是怎么回事，数据库里有其他菌的，但是就是没有单增，请大神指点指点啊！！ 可能我没有表述清楚，要完成eburst的基本步骤：1. 电脑上保证有能运行Java的基本环境，也就是说要安装JRE(java runtime environment)。2. 把你的MLST数据整理成文本，比如1
...第一列是ST型，后面是7个位点分配值，用tab分隔符空开，一定要注意每行最后也要有tab符，当初在这里被坑的很惨。3. 复制你的数据，粘贴到
的文本框里，点击提交。或者直接把数据保存成文件，在“选择文件”这里点击提交你的数据文件。4. 在转向页面中，点击“Click to launch eBURST”5. 一般的浏览器会提示下载一个***.jnlp文件，将它下载保存，然后打开，你就可以看到通过java web start方式的程序界面了。
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kikor 第一列是ST型，后面是7个位点分配值，用tab分隔符空开，一定要注意每行最后也要有tab符，当初在这里被坑的很惨。3. 复制你的数据，粘贴到
的文本框里，点击提交。或者直接把数据保存成文件，在“选择文件”这里点击提交你的数据文件。4. 在转向页面中，点击“Click to launch eBURST”5. 一般的浏览器会提示下载一个***.jnlp文件，将它下载保存，然后打开，你就可以看到通过java web start方式的程序界面了。 谢谢大神指点，我也用eburst做出图了，但是做出的图就只有两个ST型，ST155和ST755。我在文献里看到作者也是用eburst做的图，而且ST型和我做实验得到的ST型有好几个都是一样的，但是他的图有一个共同的起点，再是各个ST型分散，是我没整对吗，请大神指点，我的数据是这样的。1 3 1 1 1 3 1 3 2 1 1 11 11 2 1 5 3 4 4 4 3 2 1 5 5 2 1 11 3 3 1 7 7 5 8 5 7 6 2 1 8 5 6 2 9 5 3 1 9 6 5 6 4 1 4 1 87 12 1 4 14 3 39 4 121 7 6 8 8 6 37 1 155 7 10 16 7 5 2 1 224 11 3 12 38 3 94 2 321 5 6 8 62 6 7 34 705 7 10 16 7 5 159 1[img]file:///C:\Documents and Settings\Administrator\Application Data\Tencent\Users\\QQ\WinTemp\RichOle\[KD~S8_)Z~SL7V[3T5Y)EUT.png[/img][img]file:///C:\Documents and Settings\Administrator\Application Data\Tencent\Users\\QQ\WinTemp\RichOle\[KD~S8_)Z~SL7V[3T5Y)EUT.png[/img][img]file:///C:\Documents and Settings\Administrator\Application Data\Tencent\Users\\QQ\WinTemp\RichOle\[KD~S8_)Z~SL7V[3T5Y)EUT.png[/img]
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这里输入你需要分析的数据集即可，不过一定要注意数据格式，错误的数据格式是不被接受的。既然你是在读的研究生，那就好好的读一下manual先吧。遇到具体问题再来问吧。eburst出的图不满意，但是又没有Bionumerics的，我推荐尝试http://www.phyloviz.net/，虽然我自己没有用他画过MLST图，但它可以做cgMLST，做个MLST应该也是可以的。大神，我试了一下PHYLOViZ，介绍里面讲到需要Typing Data和Isolate Data，这个Isolate Data要怎么得到啊，而且我在Load a Dataset 对话框里面输入了Dataset Name之后，到Typing Data 对话框里，但是选择文件那个就没办法点开，有时候还直接就是在Typing Data 对话框里显示没有足够空间，是因为电脑的内存不够还是什么其他原因啊？？
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谢谢大神指点，我也用eburst做出图了，但是做出的图就只有两个ST型，ST155和ST755。我在文献里看到作者也是用eburst做的图，而且ST型和我做实验得到的ST型有好几个都是一样的，但是他的图有一个共同的起点，再是各个ST型分散，是我没整对吗，请大神指点，我的数据是这样的。1 3 1 1 1 3 1 3 2 1 1 11 11 2 1 5 3 4 4 4 3 2 1 5 5 2 1 11 3 3 1 7 7 5 8 5 7 6 2 1 8 5 6 2 9 5 3 1 9 6 5 6 4 1 4 1 87 12 1 4 14 3 39 4 121 7 6 8 8 6 37 1 155 7 10 16 7 5 2 1 224 11 3 12 38 3 94 2 321 5 6 8 62 6 7 34 705 7 10 16 7 5 159 1[img]file:///C:\Documents and Settings\Administrator\Application Data\Tencent\Users\\QQ\WinTemp\RichOle\[KD~S8_)Z~SL7V[3T5Y)EUT.png[/img][img]file:///C:\Documents and Settings\Administrator\Application Data\Tencent\Users\\QQ\WinTemp\RichOle\[KD~S8_)Z~SL7V[3T5Y)EUT.png[/img][img]file:///C:\Documents and Settings\Administrator\Application Data\Tencent\Users\\QQ\WinTemp\RichOle\[KD~S8_)Z~SL7V[3T5Y)EUT.png[/img]虽然你的图...，但是从你回复来看，你是想把所有ST型都放到1张图，那就不能用analysis的7/6/3的参数，这个设置是分group用的。要改成7/0/0
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紫夜风灵 大神，我试了一下PHYLOViZ，介绍里面讲到需要Typing Data和Isolate Data，这个Isolate Data要怎么得到啊，而且我在Load a Dataset 对话框里面输入了Dataset Name之后，到Typing Data 对话框里，但是选择文件那个就没办法点开，有时候还直接就是在Typing Data 对话框里显示没有足够空间，是因为电脑的内存不够还是什么其他原因啊？？看下说明和相关文献，再看一下这里：
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kikor 虽然你的图...，但是从你回复来看，你是想把所有ST型都放到1张图，那就不能用analysis的7/6/3的参数，这个设置是分group用的。要改成7/0/0 大神，这个就是我在文献上看到的图，在附件里，但是我改成7/0/0之后作出的图就还是ST155和ST705直接有线，其他ST型就全是一些点在四周，难道是要自己把线加上？但是起点是在哪一个呢？
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看不到你的图，附件在哪里？你只有几个st型，且位点几乎不一致，自然就是你这种情况。因为eburst是按照group的概念来的。就算画上线，也是6，7个位点的差异，这图的目的和意义是什么呢
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kikor 看不到你的图，附件在哪里？你只有几个st型，且位点几乎不一致，自然就是你这种情况。因为eburst是按照group的概念来的。就算画上线，也是6，7个位点的差异，这图的目的和意义是什么呢大神， 我分到的菌测序出来的结果就是这样，那这种情况我该怎么分析呢，附件就在我楼上的回复中的啊，看不见吗？
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kikor 看不到你的图，附件在哪里？你只有几个st型，且位点几乎不一致，自然就是你这种情况。因为eburst是按照group的概念来的。就算画上线，也是6，7个位点的差异，这图的目的和意义是什么呢 大神，你看不到那个图的话能不能说一下你的QQ号嘛，我截图给你看看。
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紫夜风灵 大神， 我分到的菌测序出来的结果就是这样，那这种情况我该怎么分析呢，附件就在我楼上的回复中的啊，看不见吗？你链接的是本地地址，肯定看不到图。不过从你的描述和数据就基本可以判断，图没错，因为你的数据。如果你搞懂eburst的原理以及它是如何定义一个 clone complex 就明白是怎么一回事了。所以我一直认为eburst也好，mstree也罢，都应该针对某一物种来做。分析自己型别较少的数据时，推荐用bionumerics画MSTREE，你看过文献应该知道是怎样的图(可以参考中国CDC王燕老师的一篇SCI)。如果想描述在进化上的关系或者说亲缘性，可能画7个管家基因核酸的系统发生树比较合适。至于MLST型别，我看了你的数据，结合我们自己的数据和中国CDC以及上海等地方的数据，基本上说明国内的主要ST型别均为几个主要的流行CLONE型别，只是在个别地区有新发现的突变株。如果有不方便公开的研究细节，可以发送电子邮件，大家一起讨论一下。
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我有好方法，全基因测序完，拼接好，用
工具分析，一会就能到邮箱查收到分析结果了，好好用。
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eBURST分析与其说是进化分析，不如说是一种聚类分析。所以说，想用eBURST分析推导出菌株之间的进化关系，无异于缘木求鱼。想要得到菌株之间的进化关系，还是需要回到序列本身，在适当的进化模型下，对菌株之间的进化关系进行分析。
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kikor 看不到你的图，附件在哪里？你只有几个st型，且位点几乎不一致，自然就是你这种情况。因为eburst是按照group的概念来的。就算画上线，也是6，7个位点的差异，这图的目的和意义是什么呢 您好，我也在用eBRUST分析mlst数据，目前将10组ST输入eBRUST后，只得到10个分散的点，ST之间没有连线，这是怎么回事，说明什么？想要这些ST出现在一个图中，最好有克隆复合体，怎样设置analysis和diagram的数值？
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您好，我也在用eBRUST分析mlst数据，目前将10组ST输入eBRUST后，只得到10个分散的点，ST之间没有连线，这是怎么回事，说明什么？想要这些ST出现在一个图中，最好有克隆复合体，怎样设置analysis和diagram的数值？ 因为你这10个不同的ST型别在各自的等位基因序列各不相同，也就分配了不同的ID数字。eburst默认设置是5个等位基因相同才算一个group，才会有连线。如果想要按照你的期望画图，最好把整个物种的MLST数据也一起导入，这样才反应出这个物种的在这个管家基因层面上的进化结构，反应你的数据在物种中的的进化关系。如果要所有数据在一个图中，前面帖子好像有提到，基本上只要设置7,6,3就可以了
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您好，我也在用eBRUST分析mlst数据，目前将10组ST输入eBRUST后，只得到10个分散的点，ST之间没有连线，这是怎么回事，说明什么？想要这些ST出现在一个图中，最好有克隆复合体，怎样设置analysis和diagram的数值？
因为你这10个不同的ST型别在各自的等位基因序列各不相同，也就分配了不同的ID数字。eburst默认设置是5个等位基因相同才算一个group，才会有连线。如果想要按照你的期望画图，最好把整个物种的MLST数据也一起导入，这样才反应出这个物种的在这个管家基因层面上的进化结构，反应你的数据在物种中的的进化关系。如果要所有数据在一个图中，前面帖子好像有提到，基本上只要设置7,6,3就可以了
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二十一业 我有好方法，全基因测序完，拼接好，用
工具分析，一会就能到邮箱查收到分析结果了，好好用。请问这个选择的文件需要什么格式，我的st7个管家基因是以word保存，但是无法上传
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各位，请问哪里下载eBRUST软件，
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xxll2006 分析MLST数据一般有两种方法：一种是利用等位基因谱做分析，就是楼主提到的eBURST软件或Bionumerics软件，两者其实分析方法是一致的，不过Bionumerics作出来的图漂亮点，但是Bionumerics软件比较贵；eBURST软件是免费的，而且可以预测每个克隆复合体中的祖先基因型。另外一种就是利用MLST中7个管家基因的串联序列做系统发育树，很多软件都可以用，如著名的MEGA老师，想请教一下，如何将7个管家基因序列串联起来?
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20株你就用文本编辑器一个个复制粘贴吧。win里应该有一些图形化的序列处理工具可以帮你把fasta连接起来。在linux下可以用简单的几个shell命令完成。如果你想做的是有根树，阐述进化方向的，最好加上近缘物种做外群。如果你做的只是拓扑结构方面的关系，不用外群做无根树也可以。
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kikor 20株你就用文本编辑器一个个复制粘贴吧。win里应该有一些图形化的序列处理工具可以帮你把fasta连接起来。在linux下可以用简单的几个shell命令完成。如果你想做的是有根树，阐述进化方向的，最好加上近缘物种做外群。如果你做的只是拓扑结构方面的关系，不用外群做无根树也可以。老师，如果用文本编辑器一个个复制粘贴的话，是用拼接后的序列呢，还是测序的原始序列？另外，需不需要把序列剪切的和MLST数据库里的标准序列一样长？还有，老师，与分析序列相关的生物序列且具有较远的亲缘关系定义外群，那如果按照科、属、种，应该在哪一个层面上呢？盼回复
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1. 位点序列，非拼接序列2. 细菌一般可以用同属菌，或者有相同基因的近源菌
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kikor 1. 位点序列，非拼接序列2. 细菌一般可以用同属菌，或者有相同基因的近源菌老师，位点序列指的是STS吗？不是很明白啊，管家基因的位点序列指的是什么呢？对这些真的不是很了解，希望老师指导一下。盼回复
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比如说MLST某个管家基因abcZ allele定义为1的那一段序列。不是你扩增测序的完整序列。
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kikor 比如说MLST某个管家基因abcZ allele定义为1的那一段序列。不是你扩增测序的完整序列。明白了，谢谢老师！
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我也想做致泻大肠杆菌的MLST,我看提供的，引物有的是4条，有的是3条，怎么配体系？出来的是一个片段的基因吗？求大神赐教
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91106 我也想做致泻大肠杆菌的MLST,我看提供的，引物有的是4条，有的是3条，怎么配体系？出来的是一个片段的基因吗？求大神赐教check this:
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xxll2006 分析MLST数据一般有两种方法：一种是利用等位基因谱做分析，就是楼主提到的eBURST软件或Bionumerics软件，两者其实分析方法是一致的，不过Bionumerics作出来的图漂亮点，但是Bionumerics软件比较贵；eBURST软件是免费的，而且可以预测每个克隆复合体中的祖先基因型。另外一种就是利用MLST中7个管家基因的串联序列做系统发育树，很多软件都可以用，如著名的MEGA请问把七个基因的串联序列做进化树，七个基因怎么串联？一个基因结束后紧接着粘贴另一个基因，最后把7个串联起来？
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关于丁香园mlst分型中的C分型怎么处理的 &br&
<img onerror="imgDelByClass('comimg_box');" class="piczoom mpic" alt="mlst分型中的
全部答案（共1个回答）
中储存的序列比对，确定其等位基因谱型及菌株序列型（Sequence type，ST），并采用Splits Tree在线软件分析菌株之间的进化关系。结果 16株N...
题　名】MLST分型技术应用于脑膜炎奈瑟菌的分子流行病学研究【作　者】邓小玲 管大伟 黎薇 刘美真 张万里 柯碧霞 柯昌文 杨杏芬【机　构】广东省疾病预防控制中心,广东广州510300【刊　名】《华南预防医学》 2008年第24卷第3期,10-14页【关键词】奈瑟球菌，脑膜炎 多位点序列分型技术 分子流行病学【文　摘】目的 对广东省年自流行性脑脊髓膜炎（流脑）病人中分离的脑膜炎奈瑟菌（neissena meningitidis，N.meningitidis）进行分子流行病学研究，了解菌株间的遗传进化关系。方法 采用多位点序列分型（Muhilocus Sequence Typing，MLST）技术，分别对年分离的16株Mmeningitidis菌株的7个看家基因的序列进行测定，并将序列与PubMLST相关信息中储存的序列比对，确定其等位基因谱型及菌株序列型（Sequence type，ST），并采用Splits Tree在线软件分析菌株之间的进化关系。结果 16株N.meningitidis菌株分为13株A群、2株C群和1株W135群，分属5大克隆系，分别为ST-5、ST-1、ST-4821、ST-11克隆系和未知克隆系的ST-254序列型，其中ST-5克隆系所占比例最多，占68．75％（11／16）。年的13株A群分离株中，11株属ST-5克隆系，占84．61％（11／13），另有1977年的1株分离株为ST-1克隆系和1株1984年的分离株为未知克隆系的ST-254序列型；年的C群分离株属新出现的高致病性克隆系ST-年首次分离的1株W135群菌株为ST-2960，属高致病性的ST-11／ET-37克隆系的子克隆。结论 分离于不同年代病人的广东Mmeningitidis分离株呈多克隆系并存，但近期以高致病性克隆系为主，特别是广东省首次出现高致病性ST-11／ET-37克隆系的W135群，提示应加强流脑的病原学监测。应用MLST分子分型技术，初步揭示了广东省脑膜炎奈瑟菌的遗传进化关系，基于等位基因图谱的MLST基因分型技术具有较高的分辨率，并通过互联网实现了序列数据库信息的全球共享。
不会危机生命的 吸收了就会被排出去的 不要担心 不知道我的回答您是否满意？ 如有疑问请再次提问. 祝您身体健康！！
回复@小陈是乐乐:其实个人觉得用啥都一样，可能每个平台都有自己不喜欢的东西，慢慢让他们改进去吧~~咱们自己自得其乐~~~自得其乐~~~O(∩_∩)O哈哈~
yang test 13
你好，HPV-DNA检查是取病变组织和局部组织粘液、渗出物进行HPV-DNA检测。PCR技术具有特异性强、灵敏度高、操作简便、省时，对待检原始材料质量要求低等特...
找基因的话从NCBI。打开NCBI主页，右上方有个可选框，即可查找。序列比对的话可以用DNASTAR软件。挺好用的。
答: NaOH、Na3P04、Na2C03，必要时加入表面活性 剂等。酸洗主剂HCI、HF、柠檬酸、EDTA、羟基乙酸、氨基磺酸等。对碳酸盐水垢...
答: 你好．科学教育在一些学校也是属于化学里面的．科学教育培养具有科学教育、数学、物理、化学、生物、地理、计算机和环境科学等学科基本理论和实践技能、综合能力强、素质高...
答: 河南教育学院高师本化学考试科目
答: 安全教育培训制度市关于危险品化学品的安全教育培训制度市关于危险品的
谁能提供一份
怎样学初中化学 可以通过看动漫版本的化学实验，教育培训类的视频吗？这样对于学好化...
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