PCR的第一步 第二步第三步和第三步温度为什么不一样

AG简称AJ公司)成立于1990年,前身为玖负盛名的卡尔蔡司公司分析仪器部传承了蔡司公司160多年的精密光学仪器研发制造经验,拥有德国最大的应用实验室在德国Jena,EisfeldLangeweisen,Berlin和Uberlingen等多个城市设有研发和制造工厂已发展成为德国最大的分析仪器公司之一,并成为法兰克福证交所上市公司公司总部设在世界光学精密仪器制造中心的德国耶拿市,在全球90多个国家设有分支机构其产品在全球拥有20万个以上的用户。

   德国耶拿分析仪器股份公司北京代表處成立于2001年回首近20年,耶拿公司在中国一直保持着高速发展的态势已逐步建立了高品质的专业品牌形象,形成了耶拿中国专业严谨、勤奋敬业的团队文化“品质造就非凡”是耶拿公司的宗旨,耶拿中国在高速发展的道路上将一如既往地为广大用户提供高品质的产品和售后服务

德国耶拿 PCR仪产品简介:

?热反应模块采用高品质的金色合金材质
?耐腐蚀性强,热传递性佳并实现很好的温度均一性
?带有溫度梯度功能的型号,其温度梯度功能方便用户优化PCR反应条件
?12列样品孔可分别设置12种不同的退火温度
?有线性温度梯度模式和随机温度梯度模式
?用户进行温度梯度设置更加灵活方便

?样品防蒸发技术热盖温度升至设定温度后才开始PCR反应,使得样品管上方温度始终高于丅方温度样品不会蒸发到管盖上
?通过深凹设计的高性能智能热盖(HPSL),能将接触压力自动调整至最佳并将热量控制在热盖内
?保证極佳的温度均一性,有效防止样品蒸发
?耗材开放适用于常规的标准化96孔板、8联管和0.2ml单管
?大屏幕显示屏设计人性化,视野舒适使用鍺操作时不会有反光干扰
?操作界面友好,程序编辑步骤都在一个界面上显示一目了然
?程序运行时既可显示PCR程序数据表,又可实时显礻PCR进程曲线
?可显示运行时间和剩余时间等信息便于用户合理安排工作
?可建立30个用户账户,可设密码保护仪器本身可存储350个PCR程序
?具有断电自动重启功能
?有快速启动功能,开机后自动显示最近使用的5个程序
?通过电脑操作PCR时一台电脑可同时控制5台PCR仪的运行
?各台儀器间的程序、数据等信息可相互复制和交换,能提供符合GLP要求的文件

第一步:首先询问用户损坏部件的故障现象及现场情况
第一步 第②步第三步:根据用户的故障描述,分析造成此类故障的原因如是现场问题,电话帮客户解决疑问
第三步:打开被维修的部件,进行铨面的清洁确认被损坏的器件,分析维修恢复的可行性
第四步:根据被损坏器件的工作位置,阅读及分析电路工作原理从中找出损壞器件的原因,以免下次类似故障
第五步:与客户联系洽谈维修所需更换配件征求用户维修意见,客户确认报价后进行维修
第六步:維修内容包括排除已知的故障,对老化、损坏的元件进行更换对整机内外进行的清洗和保养等。
第七步:修复后对部件进行模拟负载测試完成后发回客户,由客户进行现场测试

“一步法”DNA建库试剂盒

“一步法”DNA建库试剂盒

Illumina?是针对Illumina?高通量测序平台专业开发设计的新一代酶切法建库试剂盒与传统的建库法比较,本品采用高质量的片段化酶摆脱叻繁琐的超声过程,同时简化了操作流程将片段化模块与末端修复模块合二为一,极大的降低了建库的时间和成本本试剂盒具有优秀嘚文库转化率,可应用于常规动植物基因组、微生物基因组等样本同时能兼容FFPE DNA样本的建库。经测序验证不同GC含量的样本,均可获得优異的测序结果文库覆盖度高,均一性好偏好性低,使建库变得更加简单高效

μg的基因组DNA、全长cDNA等样本

高质量片段化酶,可随机切割雙链DNA酶切片段无偏好性

片段化、末端修复/A一步完成

强扩增效率的高保真酶,显著提高文库质量及产量

严格的批次性能与稳定性质控

冰袋运输所有组分-20°C保存,有效期1

1. 为了您的安全和健康,请穿实验服并戴一次性手套操作

2. 请于使用前将试剂盒各组分置于室温解冻。解冻后上下颠倒数次充分混匀短暂离心后置于冰上待用。

3. 配制各步骤反应液时推荐使用移液器吹打混匀或轻轻振荡剧烈振荡可能会慥成文库产出下降。

4. 为避免样品交叉污染推荐使用带滤芯的枪头,吸取不同样品时请更换枪头

5. 推荐在带热盖的PCR仪中进行各步骤反应,使用前应预热PCR仪至反应温度附近

PCR产物因操作不当极容易产生气溶胶污染,进而影响实验结果准确性推荐将PCR反应体系配制区和PCR产物纯化檢测区进行强制性的物理隔离;使用专用的移液器等设备;并定时对各实验区域进行清洁(使用0.5%次氯酸钠或10%漂白剂进行擦拭清理),以保證实验环境的洁净度

DNA引入高浓度金属离子螯合剂或其他盐,可能会影响后续实验建议将DNA稀释在ddH2O或不含EDTA10

对于常规的高质量基因组DNA,酶切时间参考表5本试剂盒片段化偏好低,耐受各种GC含量的模板对于不同降解程度的FFPE样本,酶切时间参考表6以上为推荐时间,需客户茬自己的实验体系中进行微调以达到最佳效果。

4.为保证优质精确的片段化效果片段化反应配制过程请于冰上操作。

5. 针对FFPE DNA建库若样本質量不佳,客户对当前建库产量不满意可选购我公司的FFPE DNA DNA进行修复,具体使用方法可参考此产品说明书该试剂可与片段化末修加A过程同時进行,无需额外的操作

2. Adapter的质量和使用浓度直接影响连接效率及文库产量。Adapter用量过高可能会产生较多Adapter Dimer;用量较低可能会影响连接效率及攵库产量表1列举了使用本试剂盒,不同Input DNA量推荐的Adapter使用量

DNA平均长度(bp]

1. DNA片段长度分选步骤可选择在末端修复/dA尾添加之前或接头连接後,或文库扩增后进行

ng,建议您在文库扩增后进行分选

Enhancer中包含高浓度的PEG,会对双轮分选产生显著影响因此,如在接头连接后进行长喥分选必须先进行纯化步骤,再进行双轮分选步骤;如在末端修复/dA尾添加之前或文库扩增后进行长度分选可直接进行双轮磁珠分选步驟。

4. 磁珠使用前应先平衡至室温否则会导致得率下降、分选效果不佳。

5. 磁珠每次使用前都应充分振荡混匀或使用移液器上下吹打充分混勻

6. 转移上清时,请勿吸取磁珠即使微量残留都将影响后续文库质量。

7. 磁珠漂洗使用的80%乙醇应现用现配否则将影响回收效率。

8. 进行长喥分选时初始样品体积应尽量≥100 μL,不足时请用超纯水补齐以防因样品体积太小导致移液误差增大。

9. 产物洗脱前应将磁珠置于室温干燥干燥不充分容易造成无水乙醇残留影响后续反应;过分干燥又会导致磁珠开裂进而降低纯化得率。通常情况下室温干燥3-5 min足以让磁珠充分干燥

10. DNA纯化或长度分选产物如需保存可使用TE Buffer洗脱,产物可于4°C可保存1-2-20°C可保存1个月。

文库扩增步骤需要严格控制扩增循环数循环数不足,将导致文库产量低;循环数过多又将导致文库偏好性增加、重复度增加、嵌合产物增加、扩增突变积累等多种不良后果。表2列举了使用本试剂盒获得1 μg文库的推荐循环数。

DNA获得1 μg产物扩增循环数推荐表

【注】:**如果使用了不完整的接头需要扩增1-3个循环,形成完整的接头建库过程中进行片段分选,扩增时请参照较高循环数扩增

1. 通常情况下,构建好的文库可通过长度分布检测和浓度检測来进行质量评价

文库浓度检测可使用:基于双链DNA荧光染料的方法,如Qubit?PicoGreen?等;基于qPCR绝对定量的方法

3. 文库浓度检测不可使用:基于光谱檢测的方法,如NanoDrop?

推荐使用qPCR方法进行文库浓度检测:Qubit?PicoGreen?等基于双链DNA荧光染料的浓度测定方法时,无法有效区分单端连接Adapter的产物、两端均未连接Adapter的产物以及其他不完整双链结构产物;qPCR绝对定量基于PCR扩增原理仅定量样品中两端Adapter完整的文库(即可测序的文库),可排除单端或雙端都不连接Adapter的不可测序文库干扰

5. 文库长度分布检测,可通过Agilent Bioanalyzer 2100等基于毛细管电泳或微控流原理的设备进行检测

EDTA)、低吸附EP管、PCR管、磁仂架、PCR仪等。

DNA片段化/末端修复/dA尾添加(DNA

该步骤将基因组DNA片段化同时进行末端修复及dA尾添加。

1. 将表3中各试剂解冻后颠倒混匀,置于冰上備用

2. 冰上配制表3反应体系。

3. 使用移液器轻轻吹打或低速振荡混匀并短暂离心将反应液离心至管底。

将上述PCR管置于PCR仪设置表4所示反應程序,进行DNA片段化末端修复及dA尾添加反应。

【注】:*DNA片段化过程为有效控制片段化效果避免过度酶切,反应程序可预先设置4°C待模块温度降至4°C时,将PCR管放入PCR仪即可**对于完整的基因组DNA,酶切时间参考表5;对于质量不一的FFPE DNA样本酶切时间参考表6

5  常规基因组DNA片段囮时间选择表

DNA降解程度的一种方法详见图2

该步骤将3.1步骤的产物末端连接特定的Illumina?接头。

2. 将表7中各试剂解冻后颠倒混匀置于冰上备用。

3. 3.1步骤PCR管中配制表7所示反应体系

【注】:*Ligation Enhancer比较粘稠,请上下颠倒、振荡充分混匀并瞬时离心后使用。

**本公司接头浓度与常规商业化試剂盒一致皆为15 μM

【接头添加计算举例Input bp时接头应该添加多少?

DNA平均长度(bp]

第一步 第二步第三步:计算接头添加摩尔数根据注意事项三表1查询接头添加比例;

第三步:计算接头添加体积。接头浓度=15 μmol/L(如使用其他接头浓度需要依据其他接头浓度参数);

綜上接头可添加3.4 μL1.6 μL水补齐至5 μL。(注:接头最大加入体积不超过5 μL

4. 使用移液器轻轻吹打或振荡混匀,并短暂离心将反应液收集至管底

5. PCR管置于PCR仪中,设置表8所示反应程序进行接头连接反应

【注】:Input DNA量较低实验效果不理想时,可尝试将连接时间延长一倍

该步骤使用磁珠对3.2步骤的产物进行纯化或分选。纯化可除去未连接的AdapterAdapter Dimer等无效产物

3.3.1 纯化操作步骤:

2. 涡旋振荡或充分颠倒磁珠以保证充分混匀。

4. PCR管短暂离心并置于磁力架中分离磁珠和液体待溶液澄清后(约5 min),小心移除上清

5. 保持PCR管始终置于磁力架中,加入200 μL新鲜配制的80%乙醇漂洗磁珠室温孵育30 sec后,小心移除上清

6. 重复步骤5,总计漂洗两次

7. 保持PCR管始终置于磁力架中,开盖空气干燥磁珠至刚刚出现龜裂(不超过5 min

8. PCR管从磁力架中取出,进行洗脱:

1)如产物无需进行片段分选直接加入21 μL ddH2O,涡旋振荡或使用移液器轻轻吹打至充分混勻室温静置5 min。【注:如纯化产物如需保存可使用TE Buffer洗脱】。将PCR管短暂离心并置于磁力架中静置待溶液澄清后(约5 min),小心移取20 μL上清臸新PCR管中切勿触碰磁珠。

2)如产物需进行双轮分选加入102 μL ddH2O,涡旋振荡或使用移液器轻轻吹打至充分混匀室温静置5 min。【注:如纯化产粅如需保存可使用TE Buffer洗脱】。将PCR管短暂离心并置于磁力架中静置待溶液澄清后(约5 min),小心移取100 μL上清至新PCR管中切勿触碰磁珠。

3.3.2 双轮汾选操作步骤:

2. 请涡旋振荡或充分颠倒磁珠以保证混匀

3. 根据DNA片段长度要求,参考表9向上述100 μL DNA上清中加入第一轮分选磁珠涡旋混匀或移液器吹打10次混匀

DNA文库插入片段大小

【注】:表中“×”表示样品DNA体积如文库插入片段长度为250 bp,样品DNA体积为100

5. PCR管短暂离心并置于磁力架Φ待溶液澄清后(约5 min),小心转移上清到干净的离心管中

6. 参考表7向上清中加入第二轮分选磁珠。

7. 涡旋混匀或移液器吹打10次混匀室温靜置5 min

8. PCR管短暂离心并置于磁力架中待溶液澄清后(约5 min),小心移除上清

9. 保持PCR管始终处于磁力架中,加入200 μL新鲜配制的80%乙醇漂洗磁珠室温孵育30 sec,小心移除上清

11. 保持PCR管始终处于磁力架中,开盖干燥磁珠至刚刚出现龟裂(约5 min

12. PCR管从磁力架中取出,加入适量21 μL ddH2O涡旋振荡或使用移液器轻轻吹打充分混匀,室温静置5

13. PCR管短暂离心并置于磁力架中分离磁珠和液体待溶液澄清后(约5 min),小心转移20 μL上清至幹净的管中

该步骤将对纯化或长度分选后的接头连接产物进行PCR扩增富集。

1. 将表10中试剂解冻后颠倒混匀置于冰上备用

2. 于无菌PCR管中配制表10所示反应体系

3. 使用移液器轻轻吹打或振荡混匀,并短暂离心将反应液收集至管底

4. PCR管置于PCR仪中,设置表11所示反应程序进行PCR扩增

洳需分选操作方法同3.3.2双轮分选步骤。

通常情况下构建好的文库可通过浓度检测和长度分布检测来进行质量评价具体请参见注意事项陸

Illumina?小牛胸腺gDNA样本进行酶切建库检测,片段化结果见图3建库结果见图3

1.2 基因工程的基本操作程序 基因工程培育抗虫棉的简要过程: 从细菌中取出质粒 从细胞中取出DNA 用同种限制酶切断两个DNA 具有相同的黏性末端 目的基因的获取 用DNA连接酶将目的基因與质粒连接(形成重组DNA分子) 目的基因与运载体结合 将目的基因导入受体细胞(如大肠杆菌) 利用质粒中具有某些特性的基因进行检测并判断目的基因是否表达 将目的基因导入受体细胞 目的基因的检测与鉴定 (基因表达载体的构建) 第一步:目的基因的获取 获取方法: 1、从基因攵库中获取 目的基因主要是 编码蛋白质的基因 2、人工合成法 第一步:目的基因的获取 将含有某种生物不同基因的许多DNA片段,导入到受体菌的群體中,各个受体菌分别含有这种生物的不同基因,称为基因文库 1、从基因文库中获取目的基因 基因组文库 部分基因文库: (如cDNA文库) 基因组文庫:通过对受体菌的培养而储存一种生物的全部基因。 cDNA文库的构建 提取生物某发育时期mRNA 单链DNA 双链cDNA (只含该生物的部分基因) 逆转录酶 与载体連接 [来自e网通客户端]

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