笔者在之前文章“”中对高性能嘚计算TOP500排行榜进行了分析看到中国的太湖之光、天河2号继续保持第一、第二,中国超算在该基准测试中已经连续多年卫冕夺冠了但是讓我讲讲接下来聊聊你可能并不知道的事。
天河2号之前也是HPCG(高度共轭梯度基准测试)性能第一名(2016年上半年度的HPCG性能榜单中国的天河2号是第┅,日本K位列第二)但从2016年下半年开始,第一被日本K超算系统夺走当时K超算系统在TOP500中的排名目前是第七。
与Linpack关注线性方程的计算性能不哃HPCG使用更复杂的微分方程计算方式。Linpack衡量的是线性方程计算的速度和效率无法测量这些更加复杂的计算程序。由于越来越多的应用程序采用微分方程计算方式所以每一轮全球超级计算机500强排行榜的Linpack性能数据与真实的数据之间的差距将越来越大。
简单来说Linpack更考验超算嘚处理器理论性能,而HPCG更看重实际性能对内存系统、网络延迟要求也更高,所以任何HPC超算测出来的HPCG性能要比Linpack性能低得多基本报中告有個HPCG/HPL比率可衡量计算效率,大部分超算的比例都在5%以内1-3%的比比皆是。
500排名Green Graph 500使用与Green500相同的性能指标,但它是根据每瓦特性能排名即采用Green 500測试模型测试但配合Top500(HPL)使用每瓦特性能排序。
从2017年上半年的Graph500榜单来看日本K超算也拿下了第一名,第二名是中国太湖之光天河2号已经处于苐八名的位置。
Linpack)等计算基准在2010年的国际超级计算大会上第一次发布测试基准值。新版本的列表每年发行两次用于对超级计算机进行排洺的主要性能指标是GTEPS( Giga-Traversed Edges per Pecond千兆每秒边缘遍历)。
Graph500使用的基准测试强调系统的通信子系统而不是计算双精度浮点数,它是基于大无向图中的广度優先搜索(平均程度为16的Kronecker图)基准测试中有两个计算内核,第一个内核是生成图形并将其压缩为稀疏结构CSR或CSC(Compressed Sparse Row/Column); 第二个内核对一些随机顶点进荇并行BFS搜索(每次运行64次搜索迭代)
2017年超算首次发布了IO-500测试基准,综合反映I/O系统性能IO-500测试分为两个大部分,一个部分是带宽测试采用IOR程序进行测试;另一部分是元数据测试,采用mdtest程序和find命令进行测试
最后讨论一下HPC场景我们经常用到的测试基准。这些基准应用于不同HPC场景主要从应用基准和微观基准来进行描述。应用基准是偏向于某种应用的BenchMark测试更具有针对性;然而微观基准则更具普适性,更加偏向于純粹的工具性能测试
Code)通过使用粒子单元算法求解Vlassov-Poisson方程来模拟离子通过托卡马克的运动。在每个PIC(particle-in-cell)时间步长期间粒子的电荷分布被内插到網格上,泊松方程在网格上求解电场从网格内插到粒子,并且根据电场更新粒子的相空间坐标
Bruijn图,并发现所有(可能断开的)线性子图Meraculous能够构建基因组数据的高质量连续序列。
MILC基准代码表示由用于研究量子色力学(Quantum Chromodynamics)的MIMD晶格计算(MILC)协作的一组代码属于亚原子物理学强相互作用嘚理论,通过并联机器进行四维格子规格理论的仿真属于物理研究和模拟场景下的基准。
Theory)的模拟应用程序MiniDFT使用LDA或PBE交换相关函数计算Kohn-Sham方程的自相一致解。对于自相一致的场循环的每次迭代构建Fock矩阵,然后对角化为了构建Fock矩阵,使用快速傅立叶变换将平面波基(其中最容噫计算的动能)转换为实际空间(其中电位被评估)和返回的轨道
MiniPIC是解决具有反射壁的任意域中的静电场中的离散Boltzman方程。MiniPIC基准测试使用非结构囮的基于hex或tet的网格以及用于粒子网格的静态分区粒子被跟踪到每个单元格交叉区,打包后并使用MPI传递到相邻的处理器主要代码库使用叻Trilinos数学库中的Tpetra对象进行矩阵/向量操作。
PENNANT是一款用于高级架构研究的应用程序它具有用于操纵包含任意多边形的二维非结构化有限元网格嘚数据结构。PENNANT使用几何域分解支持MPI并行性对使用MPI调用的处理器上实现的点数据进行采集和散射操作,还支持使用OpenMP或CUDA的线程并行
SNAP作为代悝应用程序来建模现代离散坐标中性粒子传输应用程序的性能。SNAP被认为是Sweep3D的更新旨在用于混合计算架构。它是由洛斯阿拉莫斯国家实验室代码PARTISN建模的
UMT是建立在多个核分布式存储,多节点并行计算机系统上执行三维非结构化空间网格上的时间依赖性,能量依赖性离散唑标和非线性辐射问题的解决方案。为了实现极大的可扩展性应用程序利用节点之间的消息传递和在节点内角度的线程算法进行空间分解。
下面我们介绍下微观基准微观基准则更具普适性,经常在项目中客户RFP中出现更加偏向于纯粹的工具性能测试
Mdtest是一个MPI协调的元数据基准测试,可以对文件和目录执行文件操作基于不同操作报告性能。
500业界知名HPC系统排行榜以及IOR、Mdtest和STREAM等HPC场景中的基准测试方法有了比较铨面了解。
尽管如此这些基准都能从某个视角展现TOP超级计算系统的能力,如果从这个角度将那么Linpack Benchmark的时代还并未过去。HPCG将只是作为全球超级计算机500强榜单排行的另一个可用标准更是对TOP500计算系统进行排名的高性能的Linpack(HPL)基准测试的补充。
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