hpc(高性能的计算)在哪里学?物理专业毕业,工作了想跳槽做hpc有关工作,请问要做什么准备?

笔者在之前文章“”中对高性能嘚计算TOP500排行榜进行了分析看到中国的太湖之光、天河2号继续保持第一、第二,中国超算在该基准测试中已经连续多年卫冕夺冠了但是讓我讲讲接下来聊聊你可能并不知道的事

  天河2号之前也是HPCG(高度共轭梯度基准测试)性能第一名(2016年上半年度的HPCG性能榜单中国的天河2号是第┅,日本K位列第二)但从2016年下半年开始,第一被日本K超算系统夺走当时K超算系统在TOP500中的排名目前是第七

与Linpack关注线性方程的计算性能不哃HPCG使用更复杂的微分方程计算方式。Linpack衡量的是线性方程计算的速度和效率无法测量这些更加复杂的计算程序。由于越来越多的应用程序采用微分方程计算方式所以每一轮全球超级计算机500强排行榜的Linpack性能数据与真实的数据之间的差距将越来越大

简单来说Linpack更考验超算嘚处理器理论性能,而HPCG更看重实际性能对内存系统、网络延迟要求也更高,所以任何HPC超算测出来的HPCG性能要比Linpack性能低得多基本报中告有個HPCG/HPL比率可衡量计算效率,大部分超算的比例都在5%以内1-3%的比比皆是。

500排名Green Graph 500使用与Green500相同的性能指标,但它是根据每瓦特性能排名即采用Green 500測试模型测试但配合Top500(HPL)使用每瓦特性能排序。

从2017年上半年的Graph500榜单来看日本K超算也拿下了第一名第二名是中国太湖之光天河2号已经处于苐八名的位置。

Linpack)等计算基准在2010年的国际超级计算大会上第一次发布测试基准值。新版本的列表每年发行两次用于对超级计算机进行排洺的主要性能指标是GTEPS( Giga-Traversed Edges per Pecond千兆每秒边缘遍历)。

Graph500使用的基准测试强调系统的通信子系统而不是计算双精度浮点数,它是基于大无向图中的广度優先搜索(平均程度为16的Kronecker图)基准测试中有两个计算内核,第一个内核是生成图形并将其压缩为稀疏结构CSR或CSC(Compressed Sparse Row/Column); 第二个内核对一些随机顶点进荇并行BFS搜索(每次运行64次搜索迭代)

2017年超算首次发布了IO-500测试基准,综合反映I/O系统性能IO-500测试分为两个大部分,一个部分是带宽测试采用IOR程序进行测试;另一部分是元数据测试,采用mdtest程序和find命令进行测试

最后讨论一下HPC场景我们经常用到的测试基准。这些基准应用于不同HPC场景主要从应用基准微观基准来进行描述。应用基准是偏向于某种应用的BenchMark测试更具有针对性;然而微观基准则更具普适性,更加偏向于純粹的工具性能测试

Code)通过使用粒子单元算法求解Vlassov-Poisson方程来模拟离子通过托卡马克的运动。在每个PIC(particle-in-cell)时间步长期间粒子的电荷分布被内插到網格上,泊松方程在网格上求解电场从网格内插到粒子,并且根据电场更新粒子的相空间坐标

Bruijn图,并发现所有(可能断开的)线性子图Meraculous能够构建基因组数据的高质量连续序列。

      MILC基准代码表示由用于研究量子色力学(Quantum Chromodynamics)的MIMD晶格计算(MILC)协作的一组代码属于亚原子物理学强相互作用嘚理论,通过并联机器进行四维格子规格理论的仿真属于物理研究和模拟场景下的基准。

Theory)的模拟应用程序MiniDFT使用LDA或PBE交换相关函数计算Kohn-Sham方程的自相一致解。对于自相一致的场循环的每次迭代构建Fock矩阵,然后对角化为了构建Fock矩阵,使用快速傅立叶变换将平面波基(其中最容噫计算的动能)转换为实际空间(其中电位被评估)和返回的轨道

  MiniPIC是解决具有反射壁的任意域中的静电场中的离散Boltzman方程。MiniPIC基准测试使用非结构囮的基于hex或tet的网格以及用于粒子网格的静态分区粒子被跟踪到每个单元格交叉区,打包后并使用MPI传递到相邻的处理器主要代码库使用叻Trilinos数学库中的Tpetra对象进行矩阵/向量操作。

  PENNANT是一款用于高级架构研究的应用程序它具有用于操纵包含任意多边形的二维非结构化有限元网格嘚数据结构。PENNANT使用几何域分解支持MPI并行性对使用MPI调用的处理器上实现的点数据进行采集和散射操作,还支持使用OpenMP或CUDA的线程并行

      SNAP作为代悝应用程序来建模现代离散坐标中性粒子传输应用程序的性能。SNAP被认为是Sweep3D的更新旨在用于混合计算架构。它是由洛斯阿拉莫斯国家实验室代码PARTISN建模的

      UMT是建立在多个核分布式存储,多节点并行计算机系统上执行三维非结构化空间网格上的时间依赖性,能量依赖性离散唑标和非线性辐射问题的解决方案。为了实现极大的可扩展性应用程序利用节点之间的消息传递和在节点内角度的线程算法进行空间分解。

      下面我们介绍下微观基准微观基准则更具普适性,经常在项目中客户RFP中出现更加偏向于纯粹的工具性能测试

      Mdtest是一个MPI协调的元数据基准测试,可以对文件和目录执行文件操作基于不同操作报告性能。

500业界知名HPC系统排行榜以及IOR、Mdtest和STREAM等HPC场景中的基准测试方法有了比较铨面了解。

      尽管如此这些基准都能从某个视角展现TOP超级计算系统的能力,如果从这个角度将那么Linpack Benchmark的时代还并未过去。HPCG将只是作为全球超级计算机500强榜单排行的另一个可用标准更是对TOP500计算系统进行排名的高性能的Linpack(HPL)基准测试的补充。

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HPCChina2017|中科院计算机网络信息中心助仂中国HPC精彩纷呈

101921日第13届全国高性能的计算学术年会(HPCChina2017)在安徽合肥成功举行。全国高性能的计算学术年会是亚洲高性能的领域规模朂大、影响最深深度覆盖政府、高性能的计算产业、学校、科研机构、用户及硬件生产、软件开发、行业应用等全产业链的生态共建平囼。本次大会以应用驱动·生态共建为主题包含大会特邀报告、主题论坛、专题论坛、并行应用挑战赛、展示展览等多个环节,来洎国内外的知名专家、学者、厂商、学生等1500余人参加了本次大会

数字反应堆研究---大会报告HPC应用亮点 

大会首日,鉴于中国原子能研究院和計算机网络信息中心共同承担的国家863计划“核反应堆关键材料性能优化高性能的数值模拟软件研发”和科技部重点研发计划“数值反应堆原型系统开发及示范应用”等项目出色的研发成果和广泛的影响力中国原子能研究院堆工所所长杨文研究员受大会组委会邀请,做了题為“中国原子能科学研究院数字反应堆研究进展”的大会特邀报告报告提到,数字反应堆是核领域前沿热点也是工程与科研任务的迫切需求,需要超级计算持续强力的支持报告还展示了与计算机网络信息中心合作的科技部重点研发计划“数值反应堆原型系统开发及示范应用”项目的部分成果。 

大会还在首日公布了“2017中国高性能的计算机TOP100榜单”本次中国超算TOP100榜单的前四名保持不变,依然分别是部署在國家超级计算无锡中心的“神威太湖之光”、部署在国家超级计算广州中心的“天河二号”、部署在国家超级计算天津中心的“天河一号A”和部署在山西吕梁云计算中心的“天河二号A”同时,互联网应用在整体份额方面得到显著提升展示了巨大的发展潜力。计算机网络信息中心的超级计算机“元”位于榜单第十一位 

“超级计算走进你我的生活”分论坛---感受身边的HPC 

计算机网络信息中心作为超级计算创新聯盟依托单位,联合北京并行科技股份有限公司共同举办了“超级计算走进你我的生活”分论坛计算机网络信息中心副主任迟学斌研究員作为大会指导委员会共同副主席和超级计算创新联盟秘书长,担任了该论坛的主席高性能的计算部副主任牛北方研究员在该论坛做了題为“生物医学信息解读中的高性能的计算”的报告,与大家分享了当前生物医学大信息解读中的计算瓶颈以及高性能的计算已经在其中發挥作用的研究方向论坛还邀请了青岛海洋科学技术国家实验室魏志强教授做了题为“海洋国家实验室对E级超算的需求分析与展望”的報告,邀请中国科学院高能物理研究所李卫东研究员做了题为“高性能的计算在高能物理中的应用”的报告邀请国家气象信息中心肖华東高级工程师做了题为“高性能的计算气象应用”的报告,邀请中山大学国家超级计算广州中心高性能的计算部部长颜辉做了题为“天河②号上的预报业务”的报告邀请国家超级计算无锡中心常务副主任陈德训做了题为“我的超算故事”的报告,邀请国家超级计算天津中惢菅晓东高级工程师做了题为“天河一号超级计算机系统及其应用”的报告邀请北京并行科技股份有限公司应用总监乔楠做了题为“超算网格 助力超算用户提升业务能力与效率”的报告。 “超级计算走进你我的生活”分论坛展现了高大上的超级计算与日常生活的密切联系使与会者深切感受到,超级计算就在身边无处不在,无时不有超级计算正走下殿堂,走进我们的生活 

老中青三代齐并肩---助力HPC论坛精彩纷呈 

计算机网络信息中心积极参与大会举行的主题论坛活动。迟学斌受邀在“HPC市场前景展望”分论坛做了题为“中科院高性能的计算應用软件研制规划”的报告介绍了中科院十三五期间的高性能的计算应用软件的发展方向与规划,引发了与会者对于高性能的计算应用軟件发展趋势的热烈讨论 

高性能的计算部副主任金钟研究员作为组委会成员,参与了高性能的计算中间件研讨会的组织与讨论 

赵地副研究员在行业大数据论坛中,分享了题为“深度学习与医学影像分析”的报告在深度学习技术论坛分享了题为“基于深度学习与异构计算的阿尔茨海默病(AD)早期预警的研究”的报告,介绍了计算助力医学研究为解决人类的医疗难题带来更多可能的最新研究成果。 

赵一寧助理研究员在“大数据与可视化”分论坛上分享了题为“国家高性能的计算环境事件流处理与分发系统的设计”的报告介绍了计算机網络信息中心在国家高性能的计算环境中建设和部署事件流系统的设计方案,阐述了该系统的具体结构和工作流程并讨论了性能测试结果以及下一步工作方向。 

三位研究生论文被会议收录并在各主题论坛做报告在“高性能的计算应用”分论坛,博士生李晨做了题为“模糊Mean-CVaR模型并行求解算法的设计与实现”的报告主要针对模糊投资组合模型的高效求解问题介绍了所设计的并行求解算法,该算法极大地缩短了模型求解时间满足了实际交易需求;硕士生张帅做了题为“基于GPU的分子动力学模拟Cell Verlet算法实现及其并行性能分析”的论文报告,介绍叻GPU在加速分子动力学模拟方面的最新研究工作博士生吴璨在“论文报告-系统软件”分论坛上做了题为“高性能的计算环境中资源信息服務优化的设计与实现”报告,介绍了高性能的计算环境背景、资源信息服务优化问题、资源信息服务优化设计与实现、实验结果及相关工莋等

会议期间,高性能的计算部副主任王彦棡研究员、金钟经过现场答辩、全体参会高性能的计算专业委员会委员投票通过顺利加入Φ国计算机学会高性能的计算专业委员会,成为高专委的新生力量 

中国科学院计算机网络信息中心布展---VR中感受地球海平面 

计算机网络信息中心在本次大会上布展,成功展示了网格运行环境、人工智能、计算化学应用软件以及计算机网络信息中心科技云和超级计算创新联盟嘚最新内容中国国家网格目前已聚合了“天河1号”、“天河2号”、“神威·太湖之光”等国内优秀的高性能的计算资源,聚合计算能力200PFlops存储能力超过167PB,为计算物理、计算化学、材料科学、生命科学等各个领域的用户提供了优质服务在不断扩展、优化网格运行环境的同时,计算机网络信息中心也紧随高性能的计算领域的发展潮流积极布局人工智能,并取得了初步成果作为中国科学院的科研信息化与管悝信息化的系统集成、运行和服务保障机构,计算机网络信息中心正积极建设独具特色的“中国科技云”建成后将全面覆盖科技创新对基础设施的需求,实现多种软硬件资源的聚合和用户自服务有效支撑数据与计算高效耦合。这些展示内容吸引了大量参会者到计算机網络信息中心展台进行交流。计算机网络信息中心还在展台上展示了GPVIS可视化协同交互系统参观者纷纷通过AR部分亲身感受地球海平面温度、流速等特定场景的模拟。 

与大会同期举行的“PAC”全国并行应用挑战赛从2013年至今已连续举办五届旨在寻找行业最佳应用,发现顶尖优化囚才助力国产应用发展,推动高性能的计算发展本次挑战赛决赛前,大赛组委会邀请中科院计算机网络信息中心高性能的计算部主任陸忠华研究员录制大赛宣传视频陆忠华即兴作了一首打油诗送给本次大赛的参赛队员和高性能的计算领域的青年学者,殷切期望与拳拳の心可见其中:“时光如白驹过隙PAC亦已满五岁。科技正乘势HPC强国梦舍你其谁”。该手写稿已被大赛组委会收藏 

在本次“PAC2017”全国并行應用挑战赛中,由计算机网络信息中心和中科院大气物理研究所联合完成的“高分辨率全球海洋环流模式”从应用组的100多支队伍中脱颖洏出,荣获银奖(银奖排名第二)本次参赛队由计算机网络信息中心郝卉群、王天一和大气物理研究所林鹏飞联合组成,指导老师为计算机网络信息中心姜金荣副研究员和大气物理研究所刘海龙研究员继计算机网络信息中心代表队2014年夺得两项银奖,2015年勇夺金奖之后计算机网络信息中心再夺银奖,充分显示了计算机网络信息中心在高性能的计算应用领域深厚的积淀和强大的实力 

计算机网络信息中心为夲次大会带来了精彩纷呈的最新应用软件研究成果、会议报告以及最前沿的展示内容,进一步扩大了计算机网络信息中心在高性能的领域嘚影响力同时,计算机网络信息中心也将携手与会的各位专家、学者、企业界人士砥砺前行,共同为推动我国高性能的计算的发展贡獻力量(撰稿:韩文静)

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