由总公司统一核算即可，纳税人应当按照《增值税一般纳税人申请认定表》所列项目逐项如实填写，于十日内將《增值税一般纳税人申请认定表》报送主管国家税务机关.报批纳税人报送的《增值税一般纳税人申请认定表》和提供的有关证件、资料；
经主管国家税务机关审核、报有权国家税务机关批准后，在其《税务登记证》副本首页加盖"增值税一般纳税人"确认专章纳税人按照規定的期限到主管国家税务机关领取一般纳税人税务登记证副本。
根据企业类型和经营特点帮助企业争取最大限度地享受优惠政策；为企業在日常经营及对内对外投资、签订合同、招标、合并、分立、改组改制等方面提供最合理、最优的节税方案；
为新办企业确定最合理納税方案；帮助企业减少税收成本降低纳税风险；在合法的前提下，实现最小纳税提高经济效益
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总公司与分公司在同一区域，应该实行由总公司统一核算分公司建立部门账簿，再并入总公司账总公司纳税申报。
如果实行独立核算也可以两公司各自建账纳税申报。
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国家税务总局《关于跨地区经营建筑企业所得税征收管理问题的通知》（国税函[号）第二条规定建筑企业所属二级或二级以下分支机构直接管理的项目部（包括与项目蔀性质相同的工程指挥部、合同段等，下同）不就地预缴企业所得税其经营收入、职工工资和资产总额应汇总到二级分支机构统一核算，由二级分支机构按照国家税务总局《关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发[2008]28号）规定的办法預缴企业所得税第三条规定，建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目部应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季度由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴第六条规定，跨地区经营的项目部（包括二级以下分支机构管理的项目蔀）应向项目所在地主管税务机关出具总机构所在地主管税务机关开具的《外出经营活动税收管理证明》未提供上述证明的，项目部所茬地主管税务机关应督促其限期补办；不能提供上述证明的应作为独立纳税人就地缴纳企业所得税。同时项目部应向所在地主管税务機关提供总机构出具的证明该项目部属于总机构或二级分支机构管理的证明文件。
例：某建筑企业总公司设在南京在合肥设有分公司（②级分支机构）。2010年8月南京总公司直接管理的A项目部和合肥分公司直接管理的B项目部同时在C地的两个不同标段进行道路施工，A项目部负責甲标段、工程造价3000万元B项目部负责乙标段、工程造价2000万元，现工程均全部按合同规定施工结束
1.B项目部无需向C地主管税务机关预缴企業所得税，其经营收入、职工工资和资产总额汇总到合肥分公司后由合肥分公司按国税发[2008]28号文件规定的计税办法向当地主管税务机关预缴但应向C地主管税务机关出具南京总公司所在地主管税务机关开具的《外出经营活动税收管理证明》和南京总公司证明B项目部是合肥分公司直接管理的项目部的证明文件。
2.A项目部应向C地主管税务机关预缴总额为6万元（%）的企业所得税但应向C地主管税务机关出具南京总公司所在地主管税务机关开具的《外出经营活动税收管理证明》和南京总公司证明A项目部是南京总公司直接管理的项目部的证明文件。
3.如果A、B項目部均无法提供南京总公司所在地主管税务机关开具的《外出经营活动税收管理证明》经C地主管税务机关督促其限期补办，仍然无法提供的情况下此时A、B项目部均应作为独立纳税人就地缴纳企业所得税，分别按《企业所得税法》规定的计征税额全额向C地主管税务机关繳纳
